Home » Семинар по биоинформатике и вычислительной биологии

Семинар по биоинформатике и вычислительной биологии

Еженедельный семинар по биоинформатике и вычислительной биологии

Организован в ноябре 2011
Проводится по средам в 14-00
Место проведения: СПбГУ, Средний проспкт 41А

Руководитель семинара: к.ф.-м.н. Сергей Васильевич Малов

Темы семинаров:

  • Образование, изучение новых методов в биоинформатике
  • Обзор новейших достижений в биоинформатике
  • Доклады о результатах в биоинформатике и вычислительной биологии

Очередной семинар:

  • On Monday 22nd 2018 at 13:00, Klaus Koepfli will give a talk «How Genomics can Inform Management of Ex Situ Populations of Endangered Species.» in the Dobzhansky Center

Предыдущие семинары:

  • On 19th July (Thursday) at 11:00 at the Dobzhansky Center for Genome Bioinformatics, St. Petersburg State University 41 Sredniy Prospekt, Vasilievsky Island (metro Vasileostrovskaya) Prof. Nikolay Alexandrov from Inari (USA) will give a talk «3000 rice genomes» which was done within the International Rice Project involving the International Rice Research Institute in Philippines and also lab of Pavel Pevzner at UCSD. It is gonna be a very exciting talk!
    Please come and inform your colleagues from other institutions and departments who might be interested in the talk.
  • 8 мая (Вторник) в 14:00. Семинар Алекса Зеликовского из Атланты:
    «Scalable Reconstruction of Intra-Host Viral Population from NGS Reads»
  • В Среду, 23 августа в 14:00 Анна Кукукова из Университета Иллинойс Генетический анализ ручных и диких серебристых лис; к вопросу об эксперименте академика Беляева в ННЦ
  • Журнальный клуб состоится в четверг 13 июля в 15:00. Анна Горбунова расскажет о статье “A global reference for human genetic variation” Nature 526, 68-74, 2015
  • Журнальный клуб состоится в четверг 22 июня в 15:00. Сергей Кливер расскажет о статье “An integrated map of structural variation in 2,504 human genomes” Nature 526, 75-81 (2015). Статья по результатм проекта 1000 геномов.
  • Журнальный клуб состоится в пятницу 9 июня в 14:00. Сергей Малов расскажет о статье A Genome-Wide Analysis of Populations from European Russia Reveals a New Pole of Genetic Diversity in Northern Europe 2013
  • Журнальный клуб состоится в четверг 1 июня в 14:00. Игорь Евсюков расскажет о статье Reconstructing genetic history of Siberian and Northeastern European populations. Genome Research CSHL 2016 http://www.genome.org/cgi/doi/10.1101/gr.202945.115
  • В среду 19 апреля в 14:00. Даша Жернакова представит статью Genomic analyses inform on migration events during the peopling of Eurasia. 238 NATURE VOL 538, 13 OcTObER 2016 doi:10.1038/nature19792
  • Четверг, 6 апреля в 14:00 Lab’s journal club Гайк Тамазян Rare variant discovery by deep whole-genome sequencing of 1,070 Japanese individuals. 2015, Nature Communications DOI: 10.1038/ncomms9018 www.nature.com/naturecommunications
  • в четверг 23 марта в 14:00 состоится journal club. Владимир Брюхин будет делать сообщение по статье «Swedish Population Substructure Revealed by GenomeWide Single Nucleotide Polymorphism Data», PLoS One, 2011, 6(2).
  • Среда 14.12.2016 в 14-00. Александрос Триантафиллидис (Alexandros Triantafyllidis, Aristotle University of Thessaloniki, Macedonia, Greece) выступит с докладом «Phylogenetic investigations of animals in Greece».
  • Wednesday Sept. 28 2016 at 2:00pm. Chupov Vladimir (Komarov Botanical Institute RAS): New elements of macro evolutionary process in angiosperms
  • Среда 28.09.2016 в 14-00. Чупов Владимир Степанович (в.н.с. лаб. Биосистематики и цитологии БИН РАН): Новые элементы макро эволюционного процесса у покрытосеменных растений.
  • Среда 7.09.2016 в 14-00. Гайк Тамазян выступит с докладом «Сравнение производительности R-реализаций критерия хи-квадрат для множественных сравнений»
  • Внеочередное заседание семинара состоится в понедельник 29.08.2016 в 14-00. Prof. Baskar Rammamurthy (Indian Institute of Technology Madras (IITM)) выступит с докладом «Hybridization and parental age affects somatic mutation rates in Arabidopsis».
  • Внеочередное заседание семинара среда 27.07.2016 в 15-00. Карпова Ирина Юрьевна (компания ООО «Рош Диагностика Рус») «Ожидание стало реальностью: одномолекулярное секвенирование от Рош» (Expectation turned into Reality: single molecular sequencing from Roche).
  • В пятницу 8.07.2016 в 14-00 состоится внеочередное заседание семинара по биоинформатике и вычислительной биологии. Андрей Юрченко выступит с докладом «Поиск патогенных мутаций в геномах пациентов с аутоимунным гепатитом»
  • Пятница, 1 июля. в 14-00 Ryuichi MASUDA (Professor, Hokkaido University, Japan) : Phylogeography and population genetics of Blakiston’s fish owls on Hokkaido Island, Japan
    и
    Daisuke HIRATA (PhD student, Hokkaido University, Japan): Molecular phylogeography of the brown bear (Ursus arctos) in Hokkaido and Eurasian Continent,revealed by complete mitochondrial DNA sequences
  • 16 июня в 14:00 Александр Каганский (Университет Эдинбурга) Тема семинара «Метаболо-эпигенетика и рак»
  • 26 Апреля в 16:30 Л.В. Укин. (каф. Телематики, Санкт-Петербургский политехнический университет Петра Великого) Простой и быстрый алгоритм полногеномного поиска ассоциаций посредством анализа пар объектов
  • 22 Апреля в 14:00 Florence Haseltine (President of Haseltine Systems; Founder — Society for Women’s Health Research (SWHR); Emerita Scientist NIH) Global Virus Network — Planning for the Future
  • 20 Апреля в 14:00 Олег Глотов Молекулярно-генетическая диагностика у детей с редкими эндокринными заболеваниями в Северо- Западном регионе РФ с помощью технологии NGS
  • 13 Апреля в 14:00 Антон Логачев Взаимосвязь компонентов цитоскелета и детергент-устойчивых мембран в процессе полярного роста гиф базидиомицета Schizophyllum commune
  • 6 апреля 2016 в 14:00 Алексей Николаевич Мешков(Руководитель лаборатории Молекулярной генетики ФГБУ ГНИЦПМ Минздрава России)
    Исследование АТЕРОГЕН-ИВАНОВО (Изучение особенностей развития и прогрессирования атеросклероза различной локализации, в том числе с учетом генетических и эпигенетических факторов сердечно-сосудистого риска) субисследование ЭССЕ-РФ – дизайн, полученные результаты и планы.
  • 30.03.2016 в 14:00 Владимир Брюхин Секвенирование, сборка и аннотация высоко гетерозиготного генома апомиктного растения Boechera divaricarpa
  • 16.03.2016 в 14-00 Татьяна Татаринова «Биоинформатический анализ ДНК малочисленных сибирских народов на примере исследования геномов кетов.»
  • 09.12.2015 в 14-00. Сергей Малов: Об анализе неточных данных типа времени жизни с правым цензурированием
  • 02.12.2015 в 14-00 Алексей Антоник О программировании высокопроизводительных статистических вычислений
  • 18.11.2015 в 14-00:
    Анастасия Шубина (фонд «Наука за продление жизни»): «Мета-анализ влияния продуктов питания на здоровье и долголетие»

  • 11.11.2015 в 14-00. Александр Предеус (Институт Биоинформатики): GeneQuery: Метод поиска родственных фенотипов с использованием кластеринга по ко-экспрессии
  • 28.10.2015 в 14-00.
    Ксения Крашенинникова: Применение полногеномного выравнивания для изучения геномов млекопитающих
  • 21.10.2015 at 14-00.
    Zhicheng Carl Lin (Fulbright Scholar, Associate Neurobiologist McLean Hospital, Assistant Professor Harvard Medical School): «A stressor sensitive genetic pathway in alcohol abuse».

  • 16.10.2015 в 15-00. Yosuki Tanigawa «Development of mtDNA assembler and its application of caracal cat».
  • 14.10.2015 в 14-00. Сидоров Святослав: «Сравнение нескольких скаффолдеров на полногеномных сборках позвоночных: промежуточные результаты и планы на будущее»
  • 10.09.2015 15:30 Томас Маркус Бонет (Университет Помпеу Фабра, Барселона, Испания): «Сравнительная геномика человека: вариация генома человекообразного примата и эпигенетическая эволюция»
  • 27.05.2015 14:00 Хозе (Джон) Лопес (Nova Southeastern University) Lessons from the Deepwater Horizon Oil Spill in the Gulf of Mexico
    • 13.05.2015 14:00 Рубцова Елизавета: Сравнительный анализ организации Sym-генов штаммов Rhizobium leguminosarum bv. viciae, выделенных из различных растений-хозяев и контрастно различающихся по специфичности симбиоза.
    • 13.05.2015 14:00 Копать Владимир. Выявление и сравнительная генетическая характеристика предполагаемых переходных форм между свободноживущими бактериями и клубенькообразующими симбионтами бобовых.
  • 29.04.2015 14:00 Новожилов Алексей Геннадиевич (зав кафедрой Антропологии и этнографии СПбГУ)
    «Этнографичесая и физико-антропологическая характеристика русского населения Восточной Европы»
  • 22.04.2015 14-00. Гайк Тамазян выступит с докладом «Исследование гетерозиготности в геноме гепарда»
  • 15.04.2015 14:00 Андрей Афанасьев (Генеральный директор iBinom (сервис медицинской интерпретации генетических данных)): «Использование NGS в клинической диагностике. Опыт США. (по материалам The Molecular Medicine Tri Conference 2015)»
  • 08.04.2015 14:00 Михаил Райко: Современные подходы к сборке и анализу транскриптомов
  • 25.03.2015 14:00 Ирина Щукина: Статистические методы в GWAS и их программная реализация.
  • 18.03.2015 14:00 Гайк Тамазян и Владимир Брюхин: Исследование геномных вариантов популяции Ботсваны: текущие результаты.
  • 11.03.2015 14:00 Сергей Малов: «Анализ данных типа времени жизни: об одном обобщении «актуарной» оценки»
  • 4.03.2015 14:00 Анна Горбунова: «Биоинформатика и трансляционная медицина»
  • 25.02.2014 в 14-00. Антон Логачев «‘Новые повторы’в геномах: фильтрация и классификация»
  • 18.02.2015 в 14-00 Гайк Тамазян: Мета-анализ: теория и приложения к полногеномным исследованиям ассоциаций.
  • 11.02.2015 14-00 Сергей Симонов Развитие web-представительства центра им. Добржанского
  • 26.11.2014 в 14-00 Денис Лавров (Department of Ecology, Evolution, and Organismal Biology, Iowa State University, USA): Необычная организация и эволюция митохондриального генома у «низших» животных.
  • 12.11.2014 в 14-00 Гайк Тамазян Моделирование конформационного движения белка на основе его приближенного представления
  • 05.11.2014 в 14-00 Сергей Малов О задаче локализации сигнала и изучении генетических ассоциаций с помощью GWATCH
  • 29.09.2014 в 14-30 Юрий Олегович Чернов (Биологический факультет Технологического института Джорджии, Атланта, США, и Лаборатория биологии амилоидов, Санкт-Петербургский государственный университет, Санкт-Петербург, Россия) Белок как носитель информации в биологии и патологии
  • 24.09.2014 в 14-00 Евгений Андронов (ГНУ ВНИИСХМ, Санкт-Петербург, Пушкин) Исследования эволюционных процессов в почвенной микробиоте на генном, геномном и метагеномном уровне в лаборатории микробиологического мониторинга ГНУ ВНИИСХМ
  • 17.09.2014 14-00 Пётр Харченко (Center for Biomedical Informatics, Harvard Medical School, Boston, MA,USA) Анализ гетерогенных тканей млекопитающих с помощью одноклеточных измерений транскриптома
  • 25.06.14.2014 в 14-00 Н.H. Хромов-Борисов (ПСПБГМУ) Воспроизводимость и предсказательная ценность результатов в генетике предрасположенностей.
  • 30.05.2014 в 11-00 Алексей Вихарев (ИТМО) Докинг белковых молекул с применением алгоритмов теории графов и вычислительной геометрии
  • 28.05.2014 в 14-00: Лев Уткин (Лесотехнический университет) Модели отбора ДНК-маркеров
  • 21.05.2014 в 14-00 Иван Сметанников (ИТМО) Разработка эффективного метода определения самопересечений белковой цепи
  • 05.14 в 14-00 Сергей Лебедев (St. Petersburg University of RAS, JetBrains) Моделирование данных бисульфитного секвенирования
  • 14.05.2014 в 14-00 Сергей Постовалов (НГТУ) Сравнение мощности критериев при полногеномном анализе ассоциаций
  • 30.04.2014 в 14-00 Владимир Брюхин  & Гайк Тамазян: Полногеномное метилирование цитозинов у домашней кошки.
  • 23.04.2014 в 14-00 Lena Gerwick (Center for Marine Biotechnology and Biomedicine, SIO, UCSD) Что мы узнаем о геномах морских нитчатых цианобактерий? 
  • 16.04.2014  Алексей Макунин Использование секвенирования нового поколения в исследовании добавочных хромосом
  • 12.03.2014 в 14-00: Петр Стрелков (каф. Ихтеологии и Гидробиологии СПбГУ) Гибридизация в морях северной Европы
  • 5.03.2014 в 14-00. Properties of decision-making methods based on pairwise comparisons
  • 26.02.2014 в 14-00: Шмилева Елена (лаборатория им. Чебышева, СПбГУ) Геостатистические методы для данных с тяжелыми хвостами
  • 19.02.2014 Сергей Малов: Задача локализации сигнала и ее применение для поиска генетических закономерностей
  • 25.12.2013 в 14-00: Колюбаева Светлана Николаевна (зав лабораторией медицинской генетики ВМА): Генетика в Военно-медицинской академии
  • 18.12.2013 Сергей Князев (Лаборатория биоинфоматики ИТМО): Применение CMA-ES для моделирования конформационной подвижности
  • 04.12.2013 Гайк Тамазян выступит с докладом Проект генома кошки: вопрос воспроизводимости исследования
  • 27.11.2013 Мария Георгиевна Самсонова (Рук. отдела компьютерной биологии СПбГПУ):  Вариабельность и устойчивость процессов развития
  • 13.11.2013 в 14-00 Елизавета Александровна Бонч-Осмоловская (зав лабораторией гипетермофильных микробных сообществ; зам.директора Института микробиологии им. Виноградского РАН)  Новые термофильные прокариоты: от фенотипа к геному и обратно.
  • 06.11.2013 в 14-00: Екатерина Черняева Изучение генетического разнообразия российских штаммов Mycobacterium tuberculosis. База данных геномных вариаций GMTV
  • 30.10.2013 Владимир Брюхин Эпигенетика — второй код генома и фенотипическая пластичность
  • 22.10.2013 Михаил Райко Сборка генома Gluconacetobacter: история, полная боли, разочарований и целлюлозы
  • 16.10.2013 Анна Цапиева (НИИ Экспериментальной медицины СЗО РАМН) Анализ геномов пробиотических штаммов Enterococcus faecium
  • 09.10.2013 Гайк Тамазян Математические аспекты одного метода поддержки принятия решений
  • 11.09.2013 Борис Жоров (Mc Master University), Вычислительная Структурная Фармакология и Токсикология Ионных Каналов
  • 03.07.2013 Илья Минкин (Академический университет) C-Sibelia: инструмент для сравнения бактериальных геномов
  • 22.05.2013 Сергей Князев, Юрий Порозов (лаборатория биоинформатики ИТМО) Оптимизационная модель конформационной подвижности белка
  • 08.05.13 Екатерина Черняева Секвенирование генома российских штаммов Mycobacterium tuberculosis
  • 24.04.13 Сергей Симонов Браузер для генома
  • 17.04.2013. Ирина Лядова Иммунологические маркеры активации и прогрессии туберкулеза
  • 10.04.2013. Алексей Макунин Построение генетических карт по данным секвенирования отдельных сперматозоидов с помощью программы CRI-MAP
  • 3.04.13 Сергей Малов О некоторых тестах для анализа данных типа времени жизни в исследованиях СПИД
  • 27.03.2013 Гайк Тамазян LASTZ — программа для выравнивания последовательностей
  • 20.03.2013 Алексей Макунин Построение генетической карты кошки по данным панели 70 тысяч ОНП
  • 6.03.2013. Сергей Симонов Подходы к анализу генетических последовательностей
  • 27.02.2013 Михаил Роткевич Использование свойств многомерного нормального распределения в задачах множественного тестирования
  • 20.02.2013 Гайк Тамазян Статистика Higher Criticism для множественных сравнений
  • 13.02.2013. Павел Добрынин Study of genotype variations in Cheetah using NGS data
  • 06.02.2013 Антон Свитин GWAS Highway: средство анализа и визуализации результатов полногеномного скрининга ассоциаций
  • 30.01.2013 Алексей Антоник Новое в задаче о покрытии
  • 23.01.2013 Ольга Баженова Молекулярно-генетические механизмы канцерогенности и метастазирования клеток человека: поиск новых маркеров для диагностики и предотвращения образования метастазов
  • 26.12.2012 Сергей Николенко BayesHammer: Bayesian clustering for error correction in single-cell sequencing
  • 12.12.2012 Alla Lapidus Microbial genome assembly and finishing
  • 15.10.2012 Dr. Stephen O’Brien A Magic Gene-CCR5-∆32-From discovery to Clinical Benefit in a Generation
  • 08.10.2012 Алексей Макунин Привязка нуклеотидной последовательности генома к физическому положению на хромосомах
  • 24.09.2012 Гайк Тамазян Вариант адаптивного случайного поиска для глобальной оптимизации
  • 17.09.2012 Павел Добрынин Encode project writes eulogy for junk DNA
  • 10.09.2012 Сергей Малов Задачи множественного тестирования при анализе полного генома на наличие ассоциаций
  • 20.08.2012 Алексей Антоник О задаче покрытия ДНК
  • 13.08.2012 А.П. Козлов Феномен активации эволюционно-новых генов в опухолях
  • 6.08.2012 Николай Черкасов Обзор баз данных MySQL, FIlemaker
  • 30.07.2012 Компьютерные инструменты в генетических исследованиях. Алексей Макунин Программы для сборки геномов de-novo; Павел Добрынин Программы для выравнивания последовательностей
  • 23.07.2012 Сергей Малов выступит с докладом Компьютерные инструменты в генетических исследованиях. Статистические пакеты R-project и SAS
  • 16.07.2012.Michael V. Okun’  (Bioinformatical Center at Vienna University & PhD student in Botanical institute RAS) Next Generation Sequencing Technologies
  • 02.07.2012. Chernyaeva Ekaterina Mycobacterium tuberculosis complex genetic diversity . Global phylogeny and biological features.
  • 25.06.2012. Shevchenko Andrei HIV prevalence and subtypes, stage of HIV infection, transmission and life cycle, HIV genome and the genetic diversity of HIV population inside the body.
  • 18.06.2012. Logachev Anton. Modern phylogenetic reconstruction in Eukaryota: assembling tree of life
  • 04.06.2012. Galaktionov Nikolai. Gorilla genome, technique and results.
  • 27.05.2012. Kozlov A. P.  On research perspectives of the Theodosius Dobzhansky Center for Genome Informatics.
  • 21.05.2012. Dobrynin Pavel. Homology searches by protein Blast and the chacterization of the new age of genes.
  • 14.05.2012.  Andronov Eugeniy. The evolutionary space for 16S rRNA gene.
  • 16.04.2012.  Antonik Alexei. Topological methods in biology.
  • 09.04.2012.  Malov Sergey. Multiple hypothesis testing.
  • 26.03.2012. Galaktionov Nikolai. Domestication of mobile elements a source of novel genes formation.
  • 19.03.2012. Matveev Ivan. Изогнутость ДНК, центромеры и перицентромеры.
  • 12.03.2012. Dobrynin Pavel & Malov Sergey. On the motif finding problem (discussion).
  • 20.02.2012. Galaktionov Nickolai. Samples preparation for genome sequencing.
  • 13.02.2012. Dobrynin Pavel.  DNA microarrays.
  • 06.02.2012. Discussion: 1) classification and the support vector machine method (Malov S.V., part 3 of the talk at 16.01.12); 2) study of broad set of genes with the specific phenotype (Dobrinin P.); 3) on a simple problem of covering whole genome length by short random reads and genome assembling (Malov S.V.).
  • 30.01.2012. Tsarev Fedor. «Combining de Bruijn graph and overlaps graph approaches for de novo genome assembly«.
  • Сборка геномных последовательностей на основе совместного применения графов де Брюина и графов перекрытий.
  • 23.01.2012. Malov Sergey. Methods of comparative genetics (part 2, probabilistic tools in clustering).
  • 16.01.2012. Malov Sergey. Methods of comparative genetics (part 1, clustering).
  • 26.12.2011. Chernyaeva Ekaterina. Genomic information in the Internet and data mining.
  • 19.12.2011. Malov Sergey. Hidden Markov processes with applications in bioinformatics.
  • 12.12.2011. Chernyaeva Ekaterina. Discussion of main directions in the research project.
  • 05.12.2011. Iurasov Dmitry.  Alignment algorithms.
  • 28.11.2011. Dobrynin Pavel.  On genome structure and gene annotation.
  • 21.11.2011. Matunina Ekaterina. On cells and proteins.