Home » Семинар по биоинформатике и вычислительной биологии

Семинар по биоинформатике и вычислительной биологии

Еженедельный семинар по биоинформатике и вычислительной биологии

Организован в ноябре 2011
Проводится по средам в 14-00
Место проведения: СПбГУ, Средний проспкт 41А

Руководитель семинара: к.ф.-м.н. Сергей Васильевич Малов

Темы семинаров:

  • Образование, изучение новых методов в биоинформатике
  • Обзор новейших достижений в биоинформатике
  • Доклады о результатах в биоинформатике и вычислительной биологии

Очередной семинар:

  • В Среду, 23 августа в 14:00 Анна Кукукова из Университета Иллинойс Генетический анализ ручных и диких серебристых лис; к вопросу об эксперименте академика Беляева в ННЦ

Предыдущие семинары:

  • Журнальный клуб состоится в четверг 13 июля в 15:00. Анна Горбунова расскажет о статье “A global reference for human genetic variation” Nature 526, 68-74, 2015
  • Журнальный клуб состоится в четверг 22 июня в 15:00. Сергей Кливер расскажет о статье “An integrated map of structural variation in 2,504 human genomes” Nature 526, 75-81 (2015). Статья по результатм проекта 1000 геномов.
  • Журнальный клуб состоится в пятницу 9 июня в 14:00. Сергей Малов расскажет о статье A Genome-Wide Analysis of Populations from European Russia Reveals a New Pole of Genetic Diversity in Northern Europe 2013
  • Журнальный клуб состоится в четверг 1 июня в 14:00. Игорь Евсюков расскажет о статье Reconstructing genetic history of Siberian and Northeastern European populations. Genome Research CSHL 2016 http://www.genome.org/cgi/doi/10.1101/gr.202945.115
  • В среду 19 апреля в 14:00. Даша Жернакова представит статью Genomic analyses inform on migration events during the peopling of Eurasia. 238 NATURE VOL 538, 13 OcTObER 2016 doi:10.1038/nature19792
  • Четверг, 6 апреля в 14:00 Lab’s journal club Гайк Тамазян Rare variant discovery by deep whole-genome sequencing of 1,070 Japanese individuals. 2015, Nature Communications DOI: 10.1038/ncomms9018 www.nature.com/naturecommunications
  • в четверг 23 марта в 14:00 состоится journal club. Владимир Брюхин будет делать сообщение по статье «Swedish Population Substructure Revealed by GenomeWide Single Nucleotide Polymorphism Data», PLoS One, 2011, 6(2).
  • Среда 14.12.2016 в 14-00. Александрос Триантафиллидис (Alexandros Triantafyllidis, Aristotle University of Thessaloniki, Macedonia, Greece) выступит с докладом «Phylogenetic investigations of animals in Greece».
  • Wednesday Sept. 28 2016 at 2:00pm. Chupov Vladimir (Komarov Botanical Institute RAS): New elements of macro evolutionary process in angiosperms
  • Среда 28.09.2016 в 14-00. Чупов Владимир Степанович (в.н.с. лаб. Биосистематики и цитологии БИН РАН): Новые элементы макро эволюционного процесса у покрытосеменных растений.
  • Среда 7.09.2016 в 14-00. Гайк Тамазян выступит с докладом «Сравнение производительности R-реализаций критерия хи-квадрат для множественных сравнений»
  • Внеочередное заседание семинара состоится в понедельник 29.08.2016 в 14-00. Prof. Baskar Rammamurthy (Indian Institute of Technology Madras (IITM)) выступит с докладом «Hybridization and parental age affects somatic mutation rates in Arabidopsis».
  • Внеочередное заседание семинара среда 27.07.2016 в 15-00. Карпова Ирина Юрьевна (компания ООО «Рош Диагностика Рус») «Ожидание стало реальностью: одномолекулярное секвенирование от Рош» (Expectation turned into Reality: single molecular sequencing from Roche).
  • В пятницу 8.07.2016 в 14-00 состоится внеочередное заседание семинара по биоинформатике и вычислительной биологии. Андрей Юрченко выступит с докладом «Поиск патогенных мутаций в геномах пациентов с аутоимунным гепатитом»
  • Пятница, 1 июля. в 14-00 Ryuichi MASUDA (Professor, Hokkaido University, Japan) : Phylogeography and population genetics of Blakiston’s fish owls on Hokkaido Island, Japan
    и
    Daisuke HIRATA (PhD student, Hokkaido University, Japan): Molecular phylogeography of the brown bear (Ursus arctos) in Hokkaido and Eurasian Continent,revealed by complete mitochondrial DNA sequences
  • 16 июня в 14:00 Александр Каганский (Университет Эдинбурга) Тема семинара «Метаболо-эпигенетика и рак»
  • 26 Апреля в 16:30 Л.В. Укин. (каф. Телематики, Санкт-Петербургский политехнический университет Петра Великого) Простой и быстрый алгоритм полногеномного поиска ассоциаций посредством анализа пар объектов
  • 22 Апреля в 14:00 Florence Haseltine (President of Haseltine Systems; Founder — Society for Women’s Health Research (SWHR); Emerita Scientist NIH) Global Virus Network — Planning for the Future
  • 20 Апреля в 14:00 Олег Глотов Молекулярно-генетическая диагностика у детей с редкими эндокринными заболеваниями в Северо- Западном регионе РФ с помощью технологии NGS
  • 13 Апреля в 14:00 Антон Логачев Взаимосвязь компонентов цитоскелета и детергент-устойчивых мембран в процессе полярного роста гиф базидиомицета Schizophyllum commune
  • 6 апреля 2016 в 14:00 Алексей Николаевич Мешков(Руководитель лаборатории Молекулярной генетики ФГБУ ГНИЦПМ Минздрава России)
    Исследование АТЕРОГЕН-ИВАНОВО (Изучение особенностей развития и прогрессирования атеросклероза различной локализации, в том числе с учетом генетических и эпигенетических факторов сердечно-сосудистого риска) субисследование ЭССЕ-РФ – дизайн, полученные результаты и планы.
  • 30.03.2016 в 14:00 Владимир Брюхин Секвенирование, сборка и аннотация высоко гетерозиготного генома апомиктного растения Boechera divaricarpa
  • 16.03.2016 в 14-00 Татьяна Татаринова «Биоинформатический анализ ДНК малочисленных сибирских народов на примере исследования геномов кетов.»
  • 09.12.2015 в 14-00. Сергей Малов: Об анализе неточных данных типа времени жизни с правым цензурированием
  • 02.12.2015 в 14-00 Алексей Антоник О программировании высокопроизводительных статистических вычислений
  • 18.11.2015 в 14-00:
    Анастасия Шубина (фонд «Наука за продление жизни»): «Мета-анализ влияния продуктов питания на здоровье и долголетие»

  • 11.11.2015 в 14-00. Александр Предеус (Институт Биоинформатики): GeneQuery: Метод поиска родственных фенотипов с использованием кластеринга по ко-экспрессии
  • 28.10.2015 в 14-00.
    Ксения Крашенинникова: Применение полногеномного выравнивания для изучения геномов млекопитающих
  • 21.10.2015 at 14-00.
    Zhicheng Carl Lin (Fulbright Scholar, Associate Neurobiologist McLean Hospital, Assistant Professor Harvard Medical School): «A stressor sensitive genetic pathway in alcohol abuse».

  • 16.10.2015 в 15-00. Yosuki Tanigawa «Development of mtDNA assembler and its application of caracal cat».
  • 14.10.2015 в 14-00. Сидоров Святослав: «Сравнение нескольких скаффолдеров на полногеномных сборках позвоночных: промежуточные результаты и планы на будущее»
  • 10.09.2015 15:30 Томас Маркус Бонет (Университет Помпеу Фабра, Барселона, Испания): «Сравнительная геномика человека: вариация генома человекообразного примата и эпигенетическая эволюция»
  • 27.05.2015 14:00 Хозе (Джон) Лопес (Nova Southeastern University) Lessons from the Deepwater Horizon Oil Spill in the Gulf of Mexico
    • 13.05.2015 14:00 Рубцова Елизавета: Сравнительный анализ организации Sym-генов штаммов Rhizobium leguminosarum bv. viciae, выделенных из различных растений-хозяев и контрастно различающихся по специфичности симбиоза.
    • 13.05.2015 14:00 Копать Владимир. Выявление и сравнительная генетическая характеристика предполагаемых переходных форм между свободноживущими бактериями и клубенькообразующими симбионтами бобовых.
  • 29.04.2015 14:00 Новожилов Алексей Геннадиевич (зав кафедрой Антропологии и этнографии СПбГУ)
    «Этнографичесая и физико-антропологическая характеристика русского населения Восточной Европы»
  • 22.04.2015 14-00. Гайк Тамазян выступит с докладом «Исследование гетерозиготности в геноме гепарда»
  • 15.04.2015 14:00 Андрей Афанасьев (Генеральный директор iBinom (сервис медицинской интерпретации генетических данных)): «Использование NGS в клинической диагностике. Опыт США. (по материалам The Molecular Medicine Tri Conference 2015)»
  • 08.04.2015 14:00 Михаил Райко: Современные подходы к сборке и анализу транскриптомов
  • 25.03.2015 14:00 Ирина Щукина: Статистические методы в GWAS и их программная реализация.
  • 18.03.2015 14:00 Гайк Тамазян и Владимир Брюхин: Исследование геномных вариантов популяции Ботсваны: текущие результаты.
  • 11.03.2015 14:00 Сергей Малов: «Анализ данных типа времени жизни: об одном обобщении «актуарной» оценки»
  • 4.03.2015 14:00 Анна Горбунова: «Биоинформатика и трансляционная медицина»
  • 25.02.2014 в 14-00. Антон Логачев «‘Новые повторы’в геномах: фильтрация и классификация»
  • 18.02.2015 в 14-00 Гайк Тамазян: Мета-анализ: теория и приложения к полногеномным исследованиям ассоциаций.
  • 11.02.2015 14-00 Сергей Симонов Развитие web-представительства центра им. Добржанского
  • 26.11.2014 в 14-00 Денис Лавров (Department of Ecology, Evolution, and Organismal Biology, Iowa State University, USA): Необычная организация и эволюция митохондриального генома у «низших» животных.
  • 12.11.2014 в 14-00 Гайк Тамазян Моделирование конформационного движения белка на основе его приближенного представления
  • 05.11.2014 в 14-00 Сергей Малов О задаче локализации сигнала и изучении генетических ассоциаций с помощью GWATCH
  • 29.09.2014 в 14-30 Юрий Олегович Чернов (Биологический факультет Технологического института Джорджии, Атланта, США, и Лаборатория биологии амилоидов, Санкт-Петербургский государственный университет, Санкт-Петербург, Россия) Белок как носитель информации в биологии и патологии
  • 24.09.2014 в 14-00 Евгений Андронов (ГНУ ВНИИСХМ, Санкт-Петербург, Пушкин) Исследования эволюционных процессов в почвенной микробиоте на генном, геномном и метагеномном уровне в лаборатории микробиологического мониторинга ГНУ ВНИИСХМ
  • 17.09.2014 14-00 Пётр Харченко (Center for Biomedical Informatics, Harvard Medical School, Boston, MA,USA) Анализ гетерогенных тканей млекопитающих с помощью одноклеточных измерений транскриптома
  • 25.06.14.2014 в 14-00 Н.H. Хромов-Борисов (ПСПБГМУ) Воспроизводимость и предсказательная ценность результатов в генетике предрасположенностей.
  • 30.05.2014 в 11-00 Алексей Вихарев (ИТМО) Докинг белковых молекул с применением алгоритмов теории графов и вычислительной геометрии
  • 28.05.2014 в 14-00: Лев Уткин (Лесотехнический университет) Модели отбора ДНК-маркеров
  • 21.05.2014 в 14-00 Иван Сметанников (ИТМО) Разработка эффективного метода определения самопересечений белковой цепи
  • 05.14 в 14-00 Сергей Лебедев (St. Petersburg University of RAS, JetBrains) Моделирование данных бисульфитного секвенирования
  • 14.05.2014 в 14-00 Сергей Постовалов (НГТУ) Сравнение мощности критериев при полногеномном анализе ассоциаций
  • 30.04.2014 в 14-00 Владимир Брюхин  & Гайк Тамазян: Полногеномное метилирование цитозинов у домашней кошки.
  • 23.04.2014 в 14-00 Lena Gerwick (Center for Marine Biotechnology and Biomedicine, SIO, UCSD) Что мы узнаем о геномах морских нитчатых цианобактерий? 
  • 16.04.2014  Алексей Макунин Использование секвенирования нового поколения в исследовании добавочных хромосом
  • 12.03.2014 в 14-00: Петр Стрелков (каф. Ихтеологии и Гидробиологии СПбГУ) Гибридизация в морях северной Европы
  • 5.03.2014 в 14-00. Properties of decision-making methods based on pairwise comparisons
  • 26.02.2014 в 14-00: Шмилева Елена (лаборатория им. Чебышева, СПбГУ) Геостатистические методы для данных с тяжелыми хвостами
  • 19.02.2014 Сергей Малов: Задача локализации сигнала и ее применение для поиска генетических закономерностей
  • 25.12.2013 в 14-00: Колюбаева Светлана Николаевна (зав лабораторией медицинской генетики ВМА): Генетика в Военно-медицинской академии
  • 18.12.2013 Сергей Князев (Лаборатория биоинфоматики ИТМО): Применение CMA-ES для моделирования конформационной подвижности
  • 04.12.2013 Гайк Тамазян выступит с докладом Проект генома кошки: вопрос воспроизводимости исследования
  • 27.11.2013 Мария Георгиевна Самсонова (Рук. отдела компьютерной биологии СПбГПУ):  Вариабельность и устойчивость процессов развития
  • 13.11.2013 в 14-00 Елизавета Александровна Бонч-Осмоловская (зав лабораторией гипетермофильных микробных сообществ; зам.директора Института микробиологии им. Виноградского РАН)  Новые термофильные прокариоты: от фенотипа к геному и обратно.
  • 06.11.2013 в 14-00: Екатерина Черняева Изучение генетического разнообразия российских штаммов Mycobacterium tuberculosis. База данных геномных вариаций GMTV
  • 30.10.2013 Владимир Брюхин Эпигенетика — второй код генома и фенотипическая пластичность
  • 22.10.2013 Михаил Райко Сборка генома Gluconacetobacter: история, полная боли, разочарований и целлюлозы
  • 16.10.2013 Анна Цапиева (НИИ Экспериментальной медицины СЗО РАМН) Анализ геномов пробиотических штаммов Enterococcus faecium
  • 09.10.2013 Гайк Тамазян Математические аспекты одного метода поддержки принятия решений
  • 11.09.2013 Борис Жоров (Mc Master University), Вычислительная Структурная Фармакология и Токсикология Ионных Каналов
  • 03.07.2013 Илья Минкин (Академический университет) C-Sibelia: инструмент для сравнения бактериальных геномов
  • 22.05.2013 Сергей Князев, Юрий Порозов (лаборатория биоинформатики ИТМО) Оптимизационная модель конформационной подвижности белка
  • 08.05.13 Екатерина Черняева Секвенирование генома российских штаммов Mycobacterium tuberculosis
  • 24.04.13 Сергей Симонов Браузер для генома
  • 17.04.2013. Ирина Лядова Иммунологические маркеры активации и прогрессии туберкулеза
  • 10.04.2013. Алексей Макунин Построение генетических карт по данным секвенирования отдельных сперматозоидов с помощью программы CRI-MAP
  • 3.04.13 Сергей Малов О некоторых тестах для анализа данных типа времени жизни в исследованиях СПИД
  • 27.03.2013 Гайк Тамазян LASTZ — программа для выравнивания последовательностей
  • 20.03.2013 Алексей Макунин Построение генетической карты кошки по данным панели 70 тысяч ОНП
  • 6.03.2013. Сергей Симонов Подходы к анализу генетических последовательностей
  • 27.02.2013 Михаил Роткевич Использование свойств многомерного нормального распределения в задачах множественного тестирования
  • 20.02.2013 Гайк Тамазян Статистика Higher Criticism для множественных сравнений
  • 13.02.2013. Павел Добрынин Study of genotype variations in Cheetah using NGS data
  • 06.02.2013 Антон Свитин GWAS Highway: средство анализа и визуализации результатов полногеномного скрининга ассоциаций
  • 30.01.2013 Алексей Антоник Новое в задаче о покрытии
  • 23.01.2013 Ольга Баженова Молекулярно-генетические механизмы канцерогенности и метастазирования клеток человека: поиск новых маркеров для диагностики и предотвращения образования метастазов
  • 26.12.2012 Сергей Николенко BayesHammer: Bayesian clustering for error correction in single-cell sequencing
  • 12.12.2012 Alla Lapidus Microbial genome assembly and finishing
  • 15.10.2012 Dr. Stephen O’Brien A Magic Gene-CCR5-∆32-From discovery to Clinical Benefit in a Generation
  • 08.10.2012 Алексей Макунин Привязка нуклеотидной последовательности генома к физическому положению на хромосомах
  • 24.09.2012 Гайк Тамазян Вариант адаптивного случайного поиска для глобальной оптимизации
  • 17.09.2012 Павел Добрынин Encode project writes eulogy for junk DNA
  • 10.09.2012 Сергей Малов Задачи множественного тестирования при анализе полного генома на наличие ассоциаций
  • 20.08.2012 Алексей Антоник О задаче покрытия ДНК
  • 13.08.2012 А.П. Козлов Феномен активации эволюционно-новых генов в опухолях
  • 6.08.2012 Николай Черкасов Обзор баз данных MySQL, FIlemaker
  • 30.07.2012 Компьютерные инструменты в генетических исследованиях. Алексей Макунин Программы для сборки геномов de-novo; Павел Добрынин Программы для выравнивания последовательностей
  • 23.07.2012 Сергей Малов выступит с докладом Компьютерные инструменты в генетических исследованиях. Статистические пакеты R-project и SAS
  • 16.07.2012.Michael V. Okun’  (Bioinformatical Center at Vienna University & PhD student in Botanical institute RAS) Next Generation Sequencing Technologies
  • 02.07.2012. Chernyaeva Ekaterina Mycobacterium tuberculosis complex genetic diversity . Global phylogeny and biological features.
  • 25.06.2012. Shevchenko Andrei HIV prevalence and subtypes, stage of HIV infection, transmission and life cycle, HIV genome and the genetic diversity of HIV population inside the body.
  • 18.06.2012. Logachev Anton. Modern phylogenetic reconstruction in Eukaryota: assembling tree of life
  • 04.06.2012. Galaktionov Nikolai. Gorilla genome, technique and results.
  • 27.05.2012. Kozlov A. P.  On research perspectives of the Theodosius Dobzhansky Center for Genome Informatics.
  • 21.05.2012. Dobrynin Pavel. Homology searches by protein Blast and the chacterization of the new age of genes.
  • 14.05.2012.  Andronov Eugeniy. The evolutionary space for 16S rRNA gene.
  • 16.04.2012.  Antonik Alexei. Topological methods in biology.
  • 09.04.2012.  Malov Sergey. Multiple hypothesis testing.
  • 26.03.2012. Galaktionov Nikolai. Domestication of mobile elements a source of novel genes formation.
  • 19.03.2012. Matveev Ivan. Изогнутость ДНК, центромеры и перицентромеры.
  • 12.03.2012. Dobrynin Pavel & Malov Sergey. On the motif finding problem (discussion).
  • 20.02.2012. Galaktionov Nickolai. Samples preparation for genome sequencing.
  • 13.02.2012. Dobrynin Pavel.  DNA microarrays.
  • 06.02.2012. Discussion: 1) classification and the support vector machine method (Malov S.V., part 3 of the talk at 16.01.12); 2) study of broad set of genes with the specific phenotype (Dobrinin P.); 3) on a simple problem of covering whole genome length by short random reads and genome assembling (Malov S.V.).
  • 30.01.2012. Tsarev Fedor. «Combining de Bruijn graph and overlaps graph approaches for de novo genome assembly«.
  • Сборка геномных последовательностей на основе совместного применения графов де Брюина и графов перекрытий.
  • 23.01.2012. Malov Sergey. Methods of comparative genetics (part 2, probabilistic tools in clustering).
  • 16.01.2012. Malov Sergey. Methods of comparative genetics (part 1, clustering).
  • 26.12.2011. Chernyaeva Ekaterina. Genomic information in the Internet and data mining.
  • 19.12.2011. Malov Sergey. Hidden Markov processes with applications in bioinformatics.
  • 12.12.2011. Chernyaeva Ekaterina. Discussion of main directions in the research project.
  • 05.12.2011. Iurasov Dmitry.  Alignment algorithms.
  • 28.11.2011. Dobrynin Pavel.  On genome structure and gene annotation.
  • 21.11.2011. Matunina Ekaterina. On cells and proteins.