Home » Софт

Софт

  • Genome-based Mycobacterium Tuberculosis Variation (GMTV) Database The first database, which integrates clinical, epidemiological and microbiological with genome variations based on whole genome sequencing data.
    Currently the database contains genomic information on SNPs and Indels of Russian Mycobacterium tuberculosis strains.
    GMTV Database contains a broad spectrum of data derived from different sources and related to M. tuberculosis molecular biology, epidemiology, TB clinical outcome, year and place of isolation, drug resistance profiles and displays the variants across the genome using a dedicated genome browser.
    http://mtb.dobzhanskycenter.org/
  • GWATCH — Genome Wide Association Tracks Chromosome Highway GWATCH is a web based genome browser designed to automate analysis, visualization and data release of Whole Genome Sequence and GWAS variant (SNP, indels, CNV, or other genomic ) association studies of genetic epidemiological cohort studies. For any association study, GWATCH allows cataloging and viewing of significant associations statistical results (p-values, odds ratios, hazard ratios and others) for single or multiple SNPs, for single or multiple tests .
    GWAS data are collected and subjected to patient and SNP calling quality control by the researchers. Statistical association tests are designed to help detect genetic different among study groups with alternative phenotypes or disease outcomes . Each SNP-test combination will include categorical patient counts , p-values and a Quantitative Association Statistic (QAS, a general term for statistics explaining direction and strength of associations: odds ratio, relative hazard and ez2-transformed correlation coefficient, depending on the particular statistical test). An unabridged data file listing association test, categorical patient counts, p-values and QAS for each SNP-test combination comprises the initial the initial input to GWATCH.
    http://gen-watch.org/
  • Гарфилд — Геномный браузер
    Геномный браузер является эффективным средством не только для представления генетической информации в наглядном виде и сравнения расположения геномных элементов, но и для аккумулирования генетической информации о конкретных видах организмов.
    В Центре Т. Добржанского геномный браузер использован для представления существующей и вновь полученной информации о геноме домашней кошки. Браузер доступен по адресу http://garfield.dobzhanskycenter.org/ Названный Гарфилдом по имени симпатичного кота из мультфильма. Первоначально геномный браузер основывался на платформе JBrowse, и постепенно переместился на другую платформу, основанную на платформе UCSC. Опыт использования браузера и работы с ним на геноме домашеней кошки будет перенесен на другие виды огранизмов в рамках проекта.
    Кроме того, результаты экспериментов и опыт использования позволили встроить аналогичную модель браузера в проекте MTB, что помогает быстро и оперативно исследовать особенности различных штаммов бактерии.