Владимир Брюхин

Position:
vbryukhin

Ведущий Научный Сотрудник

Биографические данные

В.Б. Брюхин начал работу в Центре геномной биоинформатики им. Ф.Г.Добржанского СПбГУ в феврале 2013 года после возвращения из Эдинбургского университета (Великобритания). В круг научных интересов В.Б. Брюхина входят: функциональная генетика, биология развития, эпигенетика, сравнительная геномика, биология полового и бесполого размножения растений. В.Б. Брюхин курирует проект «Российские геномы» http://genomerussia.bio.spbu.ru/ , основной целью которого является создание открытой компьютерной базы данных, содержащей депресонализированную информацию о полногеномных последовательностях по меньшей мере от 2500 мужчин и женщин из разных регионов России, чьи предки являются коренными жителями данного региона в нескольких поколениях, а также описание вариаций в геноме у этих групп, определение особенностей, влияющих на распространение заболеваний и создание информационной базы медицински-значимых геномных вариантов, характерных для населения России. Кроме того, В.Б. Брюхин руководит двумя международными проектами, поддержанными РФФИ и национальным фондом Швейцарии SNSF «Секвенирование, сборка и аннотация высоко гетерозиготного генома апомиктного растения Boechera divaricarpa», а также РФФИ и Департаментом Науки и Технологии Индии «Закрепление гибридной силы посредством бесполого размножения — генетический скрининг, направленный на индукцию апомиксиса у цветковых растений». Основной целью обоих проектов является более полное понимание молекулярных основ апомиксиса, бесполого размножение растений посредством семян. Апомиксис может стать ключом для использования «передовых сельскохозяйственных технологий», которые помогут осуществить фиксацию гетерозиса в одном поколении. Также В.Б. Брюхин развивает проект «Анализ участков метилирования всего генома на различных стадиях развития и при эволюционных изменениях организмов».
В.Б. Брюхин закончил биолого-почвенный факультет Ленинградского государственного университета в 1988 году, в 1993 защитил кандидатскую диссертацию в отделе Эмбриологии и Репродуктивной Биологии БИН РАН. В 1994 году В.Б. Брюхин стажировался и читал лекции в Люблинском университете им. Марии Склодовской-Кюри в Польше. В 1996-97 годах проходил стажировку по конфокальной микроскопии в университете Вагенингена в Нидерландах. В 1997-98 годах по гранту НАТО работал в университете Бордо 2 (Франция) в лаборатории клеточной биологии и биотехнологии растений. После этого в 1999-2000 работал по программе Висби в генетическом центре г.Уппсала, Швеция, где изучал апоптоз в процессе соматическго эмбриогенеза. С 2000 по 2006 гг. В.Б. Брюхин в качестве старшего научного сотрудника работал в Отделе генетики развития растений Цюрихского университета (Швейцария), где принимал участие в координации работы швейцарской группы по европейскому проекту EXOTIC в рамках 5-й программы Евросоюза по биотехнологии, а также занимался преподаванием и проводил исследовния по функциональной генетике полового размножения у растений и ислледованию роли транспозонов в репродуктивном мутагенезе. В 2006-2007 гг. В.Б. Брюхин был приглашен для исследований по протеомике в университет Иллинойса в Урбане (США). С начала 2008 по 2013 гг. В.Б. Брюхин занимался научной работой и преподаванием в Великобритании в университете Уэльса в Аберистуите и в Эдинбургском университете, где проводил исследования по эпигенетике и по приобретению и утрате клеткой ее специализации в процессе морфогенеза.

Список публикаций:

  1. Oleksyk TK, Brukhin V, O’Brien SJ. (2015) Putting Russia on the genome map. Science. 13; 350 (6262): 747.

  2. Oleksyk TK, Brukhin V, O’Brien SJ. (2015) The Genome Russia project: closing the largest remaining omission on the world Genome map. Gigascience; 4:53.

  3. Dobrynin P, Liu S, Tamazian G, Xiong Z, Yurchenko AA, Krasheninnikova K, Kliver S, Schmidt-Küntzel A, Koepfli KP, Johnson W, Kuderna LF, García-Pérez R, Manuel Md, Godinez R, Komissarov A, Makunin A, Brukhin V, Qiu W, Zhou L, Li F, Yi J, Driscoll C, Antunes A, Oleksyk TK, Eizirik E, Perelman P, Roelke M, Wildt D, Diekhans M, Marques-Bonet T, Marker L, Bhak J, Wang J, Zhang G, O’Brien SJ. (2015) Genomic legacy of the African cheetah, Acinonyx jubatus. Genome Biol.; 16:277.

  4. Tamazian G, Simonov S, Dobrynin P, Makunin A, Logachev A, Komissarov A, Shevchenko A, Brukhin V, Cherkasov N, Svitin A, Koepfli KP, Pontius J, Driscoll CA, Blackistone K, Barr C, Goldman D, Antunes A, Quilez J, Lorente-Galdos B, Alkan C, Marques-Bonet T, Menotti-Raymond M, David VA, Narfström K, O’Brien SJ.
    (2014) Annotated Features of Domestic Cat-Felis Catus. Gigascience. 3:13

  5. Brukhin V. and Morozova N. (2011) Plant growth and development — basic knowledge and current views. Mathematical Modelling Natural Phenomena, 6 (2): 1- 53.

  6. Brukhin V., Jaciubek, M., Bolaños Carpio A., Kuzmina V., Grossniklaus U. (2011) Female Gametophytic mutants of Arabidopsis thaliana identified in a gene Trap Insertional Mutagenesis Screen, Int. J. Dev. Biol. 55: 73-84.

  7. Dumbliauskas E., Lechner E., Alioua M., Cognat V., Brukhin V., Berger F., Koncz C., Grossniklaus U., Molinier J., Genschik P. (2011) The Arabidopsis CUL4-DDB1 complex interacts with MSI1 and is required to maintain MEA parental imprinting. EMBO J. 30 (4):731-43.

  8. Chekanova J.A., Gregory B.D., Reverdatto S.V., Chen H., Kumar R., Hooker T., Junshi Yazaki J., Li P., Skiba N., Peng Q., Alonso J., Brukhin V., Grossniklaus U., Ecker J.R.; Belostotsky D.A. (2007) Genome-Wide High-Resolution Mapping of Exosome Substrates Reveals Hidden Features in the Arabidopsis Transcriptome. Cell, 131 (7):1340-1353.

  9. Brukhin V., Curtis M.D., Grossniklaus U. (2005) The angiosperm female gametophyte: no longer forgotten generation. Review Current Science, 89 (11).

  10. Brukhin V., Gheyeselinck J., Gagliardini V., Genschik P., Grossniklaus U. (2005) The RPN1 subunit of the 26S proteasome in Arabidopsis is essential for embryogenesis. The Plant Cell, 17 (10): 2723-37.

  11. Thomann A. *, Brukhin V., Dieterle M., Gheyeselinck J., Grossniklaus U. and Genschik P. (2005) Arabidopsis CUL3A and CUL3B genes are essential for normal embryogenesis. The Plant Journal, 43 (3): 437-448.

  12. Brukhin V., Hernould M., Gonzalez N., Chevalier C., Mouras A. (2003) Flower development schedule in tomato Lycopersicon esculentum cv. sweet cherry. Sex. Plant Reproduction. 15 (6): 311-320.

  13. Brukhin V., Clapham D., Elfstrand M., von Arnold S. (2000) Basta tolerance as a selectable and screening marker for transgenic plants of Norway spruce.- Plant Cell Reports, 19: 899-903.

  14. Filonova L.H., Bozhkov P.V., Brukhin V.B., Daniel G., Zhivotovsky B. and von Arnold S. (2000) Two waves of programmed cell death occur during formation and development of somatic embryos in the gymnosperm Norway spruce. J Cell Sci, 113 (24): 4399-4411.

  15. Brukhin V.B., Moleva I.R., Filonova L.H., Grakhov V.P., Blume Ya.B, Bozhkov P.V. (1996) Proliferative activity of callus culture of Taxus baccata in relation to anticancer diterpenoid taxol biosynthesis. Biotechnology Letters (Chapman & Hall, London), vol. 18, N 11, pp. 1309-1314.

  16. Brukhin V.B., Bozhkov P.V. (1996) Female gametophyte development and embryogenesis in Taxus baccata L. – Acta Soc. Bot.Pol., vol. 65, N 1-2, pp. 135-139.

  17. Tchorzewska D., Brukhin V.B., Bednara J. (1996) Organelle layers at meiocyte of Psilotum nudum. — Acta Soc.Bot.Pol., vol. 65, N 1-2, pp. 91-96.

  18. Brukhin.V., Zemanek A. (1996) The manuscripts of Russian translations of the Polish herbal /Zielnik/ (1613) by Syreniusz in St. Petersburg.- Kwartalnik historii nauki i techniki (Warsaw), vol. 41, N 3-4, pp. 189-195.

  19. Brukhin V.B., Batygina T.B. (1994) Embryo culture and somatic embryogenesis in culture of Paeonia anomala L. — Phytomorphology. — v. 44, N 3 & 4. — pp. 151-157.

  20. Brukhin V.B. (2006) Histochemical and immunohistochemical aspects of embryogenesis. In: Embryology of flowering plants Terminology and Concepts. Ed. Prof. T.Batygina. Enfield, NH, USA, Science Publisher Inc. vol. 2 Seed, pp. 568-572.

  21. Batygina T.B., Brukhin V.B. (2006) Embryogenesis in Paeoniaceae. In: Embryology of flowering plants. Terminology and Concepts Ed. Prof. T.Batygina. Enfield, NH, USA, Science Publisher Inc. vol. 2 Seed, pp. 539-543.