Home »

Стефан О’Брайен

Главный научный сотрудник

Стефан Джеймс О’Брайен руководил лабораторией геномного разнообразия Национального ракового института Национального института здоровья с 1986 по 2011 гг. В декабре 2011 он был назначен научным руководителем лаборатории Биоинформатики им. Ф. Г. Добржанского Санкт-Петербургского государственного университета.

Его научные интересы и исследования охватывают геномику человека и сравнительную геномику, генетическую эпидемиологию, ВИЧ/СПИД, ретровирусологию, биоразнообразие и сохранение видов. Доктор О Брайен был редактором шести изданий, посвященных генетическому картированию (Locus Maps of Complex Genomes, Cold Spring Harbor Laboratory Publications (1980-1993); редактором журнала «Наследственность» Американской генной ассоциации (1987-2007); редактором «Атласа хромосом млекопитающих», John Wiley Inc. NYC (2006) и автором книги «Слезы гепарда и другие рассказы о генетике», St. Martin’s Press NYC (2004).

Доктор О’Брайен получил степень бакалавра в 1966 году в Колледже Св. Франциска. В 1971 он получил степень доктора наук в области генетики в Корнельском Университете, который в 1998 году присудил ему звание «Постоянного профессора им. А. Д. Уайта».

Доктор О’Брайен — талантливый педагог. Он является адъюнкт-профессором в 12 университетах. Он осуществлял научное руководство над 15 кандидатскими диссертациями и многочисленными научными сотрудниками с ученой степенью. С 1996 года он ведет международный курс лекций «Последние достижения в генетике консервации», который спонсируется Смисониевским институтом и Американской генной ассоциацией.

  • Публикации
  • Книги
  • Links
  • Владимир Брюхин

    Ведущий Научный Сотрудник

    Биографические данные

    В.Б. Брюхин начал работу в Центре геномной биоинформатики им. Ф.Г.Добржанского СПбГУ в феврале 2013 года после возвращения из Эдинбургского университета (Великобритания). В круг научных интересов В.Б. Брюхина входят: функциональная генетика, биология развития, эпигенетика, сравнительная геномика, биология полового и бесполого размножения растений. В.Б. Брюхин курирует проект «Российские геномы» http://genomerussia.bio.spbu.ru/ , основной целью которого является создание открытой компьютерной базы данных, содержащей депресонализированную информацию о полногеномных последовательностях по меньшей мере от 2500 мужчин и женщин из разных регионов России, чьи предки являются коренными жителями данного региона в нескольких поколениях, а также описание вариаций в геноме у этих групп, определение особенностей, влияющих на распространение заболеваний и создание информационной базы медицински-значимых геномных вариантов, характерных для населения России. Кроме того, В.Б. Брюхин руководит двумя международными проектами, поддержанными РФФИ и национальным фондом Швейцарии SNSF «Секвенирование, сборка и аннотация высоко гетерозиготного генома апомиктного растения Boechera divaricarpa», а также РФФИ и Департаментом Науки и Технологии Индии «Закрепление гибридной силы посредством бесполого размножения — генетический скрининг, направленный на индукцию апомиксиса у цветковых растений». Основной целью обоих проектов является более полное понимание молекулярных основ апомиксиса, бесполого размножение растений посредством семян. Апомиксис может стать ключом для использования «передовых сельскохозяйственных технологий», которые помогут осуществить фиксацию гетерозиса в одном поколении. Также В.Б. Брюхин развивает проект «Анализ участков метилирования всего генома на различных стадиях развития и при эволюционных изменениях организмов».
    В.Б. Брюхин закончил биолого-почвенный факультет Ленинградского государственного университета в 1988 году, в 1993 защитил кандидатскую диссертацию в отделе Эмбриологии и Репродуктивной Биологии БИН РАН. В 1994 году В.Б. Брюхин стажировался и читал лекции в Люблинском университете им. Марии Склодовской-Кюри в Польше. В 1996-97 годах проходил стажировку по конфокальной микроскопии в университете Вагенингена в Нидерландах. В 1997-98 годах по гранту НАТО работал в университете Бордо 2 (Франция) в лаборатории клеточной биологии и биотехнологии растений. После этого в 1999-2000 работал по программе Висби в генетическом центре г.Уппсала, Швеция, где изучал апоптоз в процессе соматическго эмбриогенеза. С 2000 по 2006 гг. В.Б. Брюхин в качестве старшего научного сотрудника работал в Отделе генетики развития растений Цюрихского университета (Швейцария), где принимал участие в координации работы швейцарской группы по европейскому проекту EXOTIC в рамках 5-й программы Евросоюза по биотехнологии, а также занимался преподаванием и проводил исследовния по функциональной генетике полового размножения у растений и ислледованию роли транспозонов в репродуктивном мутагенезе. В 2006-2007 гг. В.Б. Брюхин был приглашен для исследований по протеомике в университет Иллинойса в Урбане (США). С начала 2008 по 2013 гг. В.Б. Брюхин занимался научной работой и преподаванием в Великобритании в университете Уэльса в Аберистуите и в Эдинбургском университете, где проводил исследования по эпигенетике и по приобретению и утрате клеткой ее специализации в процессе морфогенеза.

    Список публикаций:

    1. Yurchenko A, Yudin N, Aitnazarov R, Plyusnina A, Brukhin V, Soloshenko V, Lhasaranov B, Popov R, Paronyan IA, Plemyashov KV, Larkin DM. (2017) Genome-wide genotyping uncovers genetic profiles and history of the Russian cattle breeds. Heredity. doi: 10.1038/s41437-017-0024-3.

    2. Osadtchiy J. V., Naumova T. N., Brukhin V. B. (2017) APOMIXIS IN THE GENUS BOECHERA (BRASSICACEAE). Bot. J. 102 (12): 1587-1607.

    3. Brukhin V. (2017) Molecular and Genetic Regulation of Apomixis. Russian Journal of Genetics 53(9):1001-1024. doi: 10.1134/S1022795417090046

    4. Brukhin V. (2017) Is sex irreplaceable? Towards the molecular regulation of apomixis. The International Journal of Plant Reproductive Biology. 9(2) Jul., 2017, pp.153-169. doi: 10.14787/ijprb.2017 9.2.153-169

    5. Oleksyk TK, Brukhin V, O’Brien SJ. (2015) Putting Russia on the genome map. Science. 13; 350 (6262): 747.

    6. Oleksyk TK, Brukhin V, O’Brien SJ. (2015) The Genome Russia project: closing the largest remaining omission on the world Genome map. Gigascience; 4:53.

    7. Dobrynin P, Liu S, Tamazian G, Xiong Z, Yurchenko AA, Krasheninnikova K, Kliver S, Schmidt-Küntzel A, Koepfli KP, Johnson W, Kuderna LF, García-Pérez R, Manuel Md, Godinez R, Komissarov A, Makunin A, Brukhin V, Qiu W, Zhou L, Li F, Yi J, Driscoll C, Antunes A, Oleksyk TK, Eizirik E, Perelman P, Roelke M, Wildt D, Diekhans M, Marques-Bonet T, Marker L, Bhak J, Wang J, Zhang G, O’Brien SJ. (2015) Genomic legacy of the African cheetah, Acinonyx jubatus. Genome Biol.; 16:277.

    8. Tamazian G, Simonov S, Dobrynin P, Makunin A, Logachev A, Komissarov A, Shevchenko A, Brukhin V, Cherkasov N, Svitin A, Koepfli KP, Pontius J, Driscoll CA, Blackistone K, Barr C, Goldman D, Antunes A, Quilez J, Lorente-Galdos B, Alkan C, Marques-Bonet T, Menotti-Raymond M, David VA, Narfström K, O’Brien SJ.
      (2014) Annotated Features of Domestic Cat-Felis Catus. Gigascience. 3:13

    9. Brukhin V. and Morozova N. (2011) Plant growth and development — basic knowledge and current views. Mathematical Modelling Natural Phenomena, 6 (2): 1- 53.

    10. Brukhin V., Jaciubek, M., Bolaños Carpio A., Kuzmina V., Grossniklaus U. (2011) Female Gametophytic mutants of Arabidopsis thaliana identified in a gene Trap Insertional Mutagenesis Screen, Int. J. Dev. Biol. 55: 73-84.

    11. Dumbliauskas E., Lechner E., Alioua M., Cognat V., Brukhin V., Berger F., Koncz C., Grossniklaus U., Molinier J., Genschik P. (2011) The Arabidopsis CUL4-DDB1 complex interacts with MSI1 and is required to maintain MEA parental imprinting. EMBO J. 30 (4):731-43.

    12. Chekanova J.A., Gregory B.D., Reverdatto S.V., Chen H., Kumar R., Hooker T., Junshi Yazaki J., Li P., Skiba N., Peng Q., Alonso J., Brukhin V., Grossniklaus U., Ecker J.R.; Belostotsky D.A. (2007) Genome-Wide High-Resolution Mapping of Exosome Substrates Reveals Hidden Features in the Arabidopsis Transcriptome. Cell, 131 (7):1340-1353.

    13. Brukhin V., Curtis M.D., Grossniklaus U. (2005) The angiosperm female gametophyte: no longer forgotten generation. Review Current Science, 89 (11).

    14. Brukhin V., Gheyeselinck J., Gagliardini V., Genschik P., Grossniklaus U. (2005) The RPN1 subunit of the 26S proteasome in Arabidopsis is essential for embryogenesis. The Plant Cell, 17 (10): 2723-37.

    15. Thomann A. *, Brukhin V., Dieterle M., Gheyeselinck J., Grossniklaus U. and Genschik P. (2005) Arabidopsis CUL3A and CUL3B genes are essential for normal embryogenesis. The Plant Journal, 43 (3): 437-448.

    16. Brukhin V., Hernould M., Gonzalez N., Chevalier C., Mouras A. (2003) Flower development schedule in tomato Lycopersicon esculentum cv. sweet cherry. Sex. Plant Reproduction. 15 (6): 311-320.

    17. Brukhin V., Clapham D., Elfstrand M., von Arnold S. (2000) Basta tolerance as a selectable and screening marker for transgenic plants of Norway spruce.- Plant Cell Reports, 19: 899-903.

    18. Filonova L.H., Bozhkov P.V., Brukhin V.B., Daniel G., Zhivotovsky B. and von Arnold S. (2000) Two waves of programmed cell death occur during formation and development of somatic embryos in the gymnosperm Norway spruce. J Cell Sci, 113 (24): 4399-4411.

    19. Brukhin V.B., Moleva I.R., Filonova L.H., Grakhov V.P., Blume Ya.B, Bozhkov P.V. (1996) Proliferative activity of callus culture of Taxus baccata in relation to anticancer diterpenoid taxol biosynthesis. Biotechnology Letters (Chapman & Hall, London), vol. 18, N 11, pp. 1309-1314.

    20. Brukhin V.B., Bozhkov P.V. (1996) Female gametophyte development and embryogenesis in Taxus baccata L. – Acta Soc. Bot.Pol., vol. 65, N 1-2, pp. 135-139.

    21. Tchorzewska D., Brukhin V.B., Bednara J. (1996) Organelle layers at meiocyte of Psilotum nudum. — Acta Soc.Bot.Pol., vol. 65, N 1-2, pp. 91-96.

    22. Brukhin.V., Zemanek A. (1996) The manuscripts of Russian translations of the Polish herbal /Zielnik/ (1613) by Syreniusz in St. Petersburg.- Kwartalnik historii nauki i techniki (Warsaw), vol. 41, N 3-4, pp. 189-195.

    23. Brukhin V.B., Batygina T.B. (1994) Embryo culture and somatic embryogenesis in culture of Paeonia anomala L. — Phytomorphology. — v. 44, N 3 & 4. — pp. 151-157.

    24. Brukhin V.B. (2006) Histochemical and immunohistochemical aspects of embryogenesis. In: Embryology of flowering plants Terminology and Concepts. Ed. Prof. T.Batygina. Enfield, NH, USA, Science Publisher Inc. vol. 2 Seed, pp. 568-572.

    25. Batygina T.B., Brukhin V.B. (2006) Embryogenesis in Paeoniaceae. In: Embryology of flowering plants. Terminology and Concepts Ed. Prof. T.Batygina. Enfield, NH, USA, Science Publisher Inc. vol. 2 Seed, pp. 539-543.

    Сергей Малов

    Ведущий научный сотрудник

    Малов Сергей Васильевич окончил математико-механический факультет Санкт-Петербургского государственного университета в 1992 году по специальности “теория вероятностей и математическая статистика”, в 1995-мзащитил кандидатскую диссертацию. В 1997-98 Малов Сергей Васильевич проходил post-doc практику в университете Бордо-2 в области анализа данных типа времени жизни (survival analysis). C 2004 года в круг научных интересов Малова Сергея Васильевича входят исследования в области биостатистики. В 2004 году Малов Сергей Васильевич в рамках программы обмена опытом посетил школу общественного здоровья в университете Северной Каролины, а в 2007 году в рамках программы повышения квалификации в Йельском университете специализировался в области биостатистики и исследований эпидемии СПИДа. С 2004 года он принимает активное участие в разработке планов и чтении курсов лекций по специализации“биостатистика” магистерской программы “общественное здоровье” в Санкт-Петербургском госуниверситете.C 2011 года в круг научных интересов Малова Сергея Васильевича входит биоинформатика. Малов Сергей Васильевич является автором более чем 25 научных работ. В период с 2001 года по настоящее время он приглашался для проведения научных исследований в McMasterуниверситет (Канада), в университет Гавра (Франция) и в Магдебургский университет (Германия). Малов Сергей Васильевич читает курсы по теории вероятностей и математической статистике в Санкт-Петербургском электротехническом университете, а также специальные курсы по прикладной статистике в Санкт-Петербургском госуниверситете.

    Научная деятельность

    Общие цели Малова Сергея Васильевича в области генетических исследований связаны с использовании математических методов, в первую очередь вероятностно-статистических методов, для анализа генетических последовательностей. Текущие интересы состоят в следующем:

    • (i). Метод поиска мутаций (SNP), влияющих на течение болезни. Цель данного метода состоит в поиске мутаций, ассоциированных с различным течением болезни, по всему геному. Различные тесты, в том числе, анализ таблиц сопряженности, методы анализа коротких временных рядов и анализа данных типа времени жизни, используются для поиска таких мутаций. Цель данного исследования интерпретация множественных результатов тестов. Предполагается использование данного метода для выявления генов, влияющих на заболеваемость СПИДом.

    • (ii). Существующие способы сборки геномной последовательности не позволяют собрать весь геном целиком. Предполагается изучение некоторых технических аспектов, связанные с использованием вероятностных методов и методов Монте-Карло, при сборке генома.

    Текущие научные интересы

    • Анализ данных типа времени жизни, статистики многомерных рангов
    • Структуры зависимости, копулы
    • Биостатистика, использование специальных методов анализа данных типа времени жизни
    • Биостатистика, обобщенные линейные модели, многомерные таблицы сопряженности
    • Применение математических (статистических) методов анализе генома.

    Текущие направления исследований

    • Анализ статистических данных, связанных с исследованиями в области СПИДа
    • Популяционная генетика, анализ статистических данных
    • Применение статистических методов для распознавания генов

    Преподавательская деятельность

    • Чтение курсов по теории вероятностей, математической статистике и теории случайных процессов в СПбГЭТУ “ЛЭТИ”
    • Чтение курса по теории вероятностей и математической статистике в СПбГУ.
    • Разработка специальных курсов по прикладной статистике для магистерской программы “Общественное здоровье”.
    • Чтение курса по биометрии для студентов бакалавриата кафедры «Биогеографии и охраны природы» Института наук о Земле (СПбГУ)

    Список статей С.В. Малова

    1. Malov, S.V., O’Brien S.J. (2017) Life Table Estimator Revisited. Communications in Statistics — Theory and Methods, Published online (to appear in 2018), DOI: 10.1080/03610926.2017.1335418.
    2. Malov, S.V., Antonik A., Tang M., Berred A., Zeng Yi & O’Brien S.J. (2017) Signal localization: a new approach in signal discovery. Biometrical Journal 59(1), 126 –144. DOI: 10.1002/bimj.201500222.
    3. Malova, I.Yu., Malov, S.V. (2017) On survival categorical methods from grouped right censored data with unobserved status after censoring. In Applied Methods of Statistical Analysis. Nonparametric Methods in Cybernetics and System Analysis. Proceedings of the International Workshop AMSA’17 (Krasnoyarsk, September 18-22, 2017), 136–142.
    4. Bajenova, O., Tolkunova, E., Koshkin, S., Malov, S., Thomas, P., Tomilin, A. and O’Brien, S.J. (2017) The role of the carcinoembryonic antigen receptor in colorectal cancer progression. Journal of Integrative Oncology 6(2), 192. DOI:10.4172/2329-6771.1000192.
    5. Xie, W., Agniel, D., Shevchenko A., Malov, S.V., Svitin, A., Cherkasov, N., Baum, M.K. Campa, A., Gaseitsiwe, S., Bussmann, H., Makhema, J., Marlink,R., Novitsky, V., Lee, T.-H., Cai, T., O’Brien, S.J. and Essex,M. (2017) Genome-Wide Analyses Reveal Gene Influence on HIV Disease Progression and HIV-1C Acquisition in Southern Africa. AIDS Research and Human Retroviruses 33(6), 597– 609.
    6. Kozlov A.P., Skochilov R.V., Toussova O.V., Verevochkin S.V., Krasnoselskikh T.V., Malov S.V., Shaboltas A.V. (2016) HIV incidence and behavioral correlates of HIV acquisition in a cohort of injection drug users in St Petersburg, Russia. Medicine 95(44), e5238, DOI:10.1097/MD.0000000000005238
    7. Malov, S.V. (2015) Copula process, Archimedean. Wiley StatsRef: Statistics Reference Online. pp. 1–7.
    8. Malov, S.V. & O’Brien, S.J. (2015) On survival categorical methods based on an extended actuarial estimator. In Applied Methods of Statistical Analysis. Nonparametric Approach. Proceedings of the International Workshop AMSA’15 (Novosibirsk-Belokuriha, September 14-19, 2015), 169–175.
    9. Svitin, A, Malov, S., Cherkasov, N., Geerts P., Rotkevich, M, Dobrynin P.,
      Shevchenko, A., Guan, Li, Troyer, J., Hendrickson-Lambert, S., Dilks, H.H., Oleksyk, T.K., Donfield, S., Gomperts, E., Jabs, D.A., Sezgin, Efe, Van Natta, M., Harrigan, P.R., Brumme, Z.L. & O’Brien, S.J. (2014), GWATCH: a web platform for automated gene association discovery analysis. GigaScience, 3:18

    10. Malov S.V. & O’Brien S.J (2013) On Survival Categorical Methods with Applications in Epidemiology and AIDS Research. In Applied Methods of Statistical Analysis. Applications in Survival Analysis, Reliability and Quality Control. Proceedings of the International Workshop AMSA’13 (Novosibirsk, September 25-27, 2013), 173–180.
    11. Antonik, A., O’Brien S.J. & Malov, S.V. (2013) Whole Genome Sequence Coverage Estimation Re-examined. In Applied Methods of Statistical Analysis. Applications in Survival Analysis, Reliability and Quality Control. Proceedings of the International Workshop AMSA’13 (Novosibirsk, September 25-27, 2013), 46–50.
    12. Hoffman I.F., Latkin C.A., Kukhareva P.V., Malov S.V., Batluk J.V., Shaboltas A.V., Skochilov R.V., Sokolov N.V., Verevochkin S.V., Hudgens M.G. & Kozlov A.P. (2013). A Peer-Educator Network HIV Prevention Intervention Among Injection Drug Users: Results of a Randomized Controlled Trial in St. Petersburg, Russia. AIDS and Behavior, Vol. 17, Issue 7, pp 2510-2520.
    13. Dobrynin P., Matyunina E., Malov S.V. & Kozlov A.P. (2013) The Novelty of Human Cancer/Testis Antigen Encoding Genes in Evolution. International Journal of Genomics, Vol.2013, Article ID 105108, 7 pages.
    14. Malov S.V., Shevchenko, A.K. & O’Brien S.J. (2013) Genome associations discovering. Part 1: Statistical methods (in Russian). Komputerniye instrumenti v obrazovanii, v. 5, pp 17 – 32.
    15. Malov S.V., Shevchenko, A.K. & O’Brien S.J. (2013). Genome associations discovering. Part 2: Multiple testing problem, computer tools and applications (in Russian). Komputerniye instrumenti v obrazovanii, v. 6, pp. 3-17
    16. Christoph, G. and Malov S.V. (2012). Asymptotic Properties of Generalized Multivariate Rank Statistics. Accepted to Communications in Statistics: Theory and Methods.
    17. Bagdonavicius V., Malov S.V.&Nikulin M. (2012). Homogeneity Tests for Related Samples Under Censoring, Communications in Statistics: Simulations and Computations 41(6), 764 – 775.
    18. Malov S.V.,Skochilov R.V. &Kozlov A.P. (2010). Estimation of hazard of epidemic by interval censored data. Russian Journal AIDS, Cancer and Public Health, v. 14, № 1(29), 61 – 64. (in Russian)
    19. Christoph, G. and Malov S.V. (2009). On semiparametric estimation in copula models under right censored data, Proceedings of the 6-th St.-Petersburg Workshop on Simulation (Eds. S.M. Ermakov, V.B. Melas and A.N. Pepelyshev)1, 335 – 340.
    20. Berred A and Malov S.V. (2009).Semiparametric Estimation in Copulas with the Same Marginals, Communications in Statistics: Theory and Methods 38(3), 372 – 392.
    21. Bagdonavicius V., Malov, S., Nikulin, M. (2008). Testing of the homogeneity of marginal distributions in copula models, C. R. Acad. Sci. Paris, Ser. I 346, 445–450.
    22. Bagdonavičius, V., Malov, S.V. and Nikulin, M.S. (2006), Semiparametric Regression Estimation in Copula Models, Communications in Statistics: Theory and Methods 35(8), 1449 – 1467.
    23. N. Balakrishnan and S.V. Malov (2005), Some characterizations of exponential distribution based on progressively censored order statistics, In Advances on Models, Characterizations and Applications (Eds., N. Balakrishnan, I.G. Bairamov and O.L. Gebizlioglu), Chapter 6, pp.97-109, Chapman & Hall/CRC Press, New York.
    24. Ahsanullah, M., Malov, S.V. (2005), On Characterizations via Equivalent Distributions Properties of Records. Proceedings of the Fifth St.-Petersburg Workshop on Simulation (Eds. S.M. Ermakov, V.B. Melas and A.N. Pepelyshev), 17-22.
    25. Ahsanullah, M. andMalov, S.V. (2004), On Some Characterizations via Distributional Properties of Records, Journal of Statistical Theory and Applications 3(2), 135-140.
    26. Berred, A. andMalov, S.V. (2004), Semiparametric Estimation in Copulas With the Same Marginals, In Longevity, Aging and Degradation Models in Reliability, Public Health, Medicine and Biology LAD’2004 (eds.,V.Antonov, C.Huber, M.Nikulin, V.Polischook ), pp. 45-51, St.-Petersburg State Politechnical University, St.-Petersburg.
    27. Ahsanullah, M. andMalov, S.V. (2003). On Characterizations via Linear Regression Properties of Generalized Order Statistics. Journal of Statistical Theory and Applications 2(1), 33-38.
    28. Balakrishnan, N., Malov, S.V. (2002) Characterizations of proportional Archimedean copulas. Mathematical Methods of Statistics 11, No 4, 489-495.
    29. Malov, S.V. (2001) On finite-dimensional Archimedean copulas. In Asymptotic Methods in Probability and Statistics with applications (eds.,N.Balakrishnan, I. Ibragimov and V. Nevzorov), Birkhouser, Boston, 19-35,.
    30. Malov, S.V. (2000) On proportional Archimedean copulas. Abstracts of the second international conference on mathematical methods in reliability, Bordeaux, France, v.2, 743-746.
    31. Bagdonavicius V., Malov, S.,Nikulin, M. (1999) Characterizations and semiparametric regression estimation in Archimedean copulas. Journal of Applied Statistical Science 8, No 2/3, 137-154.
    32. Malov, S.V. (1998) Random variables generated by ranks in dependent schemes. Metrika 48, 61-67.
    33. Malov, S.V. (1998) Some remarks on copulas. Abstracts of communications of the conference “Asymptotic Methods in Probability and Mathematical Statistics” in St.-Petersburg, June 24-28, 166-170.
    34. Malov, S.V., Nevzorov, V.B. (1997) Characterizations using ranks and order statistics. In: A Volume in Honour of Samuel Kotz, Wiley, NY., 479-489.
      Malov, S.V. (1997) Sequentialτ-ranks. Journal of Applied Statistical Science 5, No 2/3, 211-224.

    35. Malov, S.V. (1997) Some remarks on finitely dimensional Archimedean copulas. Technical report 97034 of MAB, University Bordeaux 1.
    36. Malov, S.V. (1996) On characterizations of independent identically distributed random variables via order statistics. Statistics & Probability Letters 26, 97-104
    37. Malov, S.V.,Nevzorov, V.B., Nikulin, M.S. (1996) Sequential ranks and related topics. Mathematical Methods in Stochastic, Simulation and Experimental Design (Proceedings of the Second St.-Petersburg Workshop on Simulation, St.-Petersburg 1996), 294-299.
    38. Malov, S.V. (1994) On the strong independence of sequential ranks. Proc. of the Sixth Vilnius Conference in Probab. Th. and Math. Stat. 2, Mokslas Vilnius/VSP, Utrecht, 517-532.
    39. Malov, S.V. (1993) Sequential ranks and order statistics. Notes Sci.Seminars POMI, 204, 115-125 .
    40. Malov, S.V. (1992) On independence of sequential ranks. Vestnik St.-Petersburg Univ. 25, No.3, 109-113

    Сергей Симонов

    Старший Научный Сотрудник

    Биографические данные

    Сергей Симонов начал работать в Центре им. Добржанского с ноября 2012 после возвращения из США, где он проводил исследования в университете Штата Айдахо (г. Бойзи) и университета Северной Каролины в Чапел Хилле (США). Область его интересов связана с приложением математических и вычислительных подходов в генетике для получения новых знаний о геноме на основе имеющихся данных и с ориентацией на здоровье человека. Для этого он использовал различные подходы и модели включая Фурье преобразования, аппарат формальных грамматик, решение целочисленных уравнений для анализа ДНК/РНК и белковых последовательностей. Основные научные интересы Симонова лежат а области информатики, математики и высокопроизводительных вычислений, в частности теоретических и практических аспектах вычислений, прикладных алгоритмов для научных исследований, разработке новых алгоритмов и оценке их вычислительной сложности. В течении долгого времени он работал в Академических институтах Российской Академии наук (Институт Вычислительной Математики и Математической Геофизики и Институт Вычислительных Технологий СО РАН).

    Симонов имеет богатый опыт преподавания для студентов старших курсов в Российских университетах (НГУ и НГТУ, а также политехническом колледже г. Новосибирска). Кроме того, он был приглашенным преподавателем в унивеститетах Латвии. Кроме чтения курсов он руководил курсовыми и дипломными работами студентов старших курсов. Информатика и математика – области его интересов, в которых он защищал кандидатскую диссертацию в СО РАН. Он автор и соавтор более 30 работ, изданных в России и за рубежом, включая ряд статей в популярных журналах, таких как PC week. Член Американской Ассоциации Математиков.

    Симонов увлекается всеми видами активного отдыха на свежем воздухе (лыжи, теннис, бег, горный туризм) и получает удовольствие от освоения новых технологий.

    Анна Горбунова

    с.н.с.

    Екатерина Черняева

    Ekaterina is a postdoctoral fellow at the Theodosius Dobzhansky Center for Genome Informatics. Ekaterina has graduated from the St.Petersburg State University with aPh.D. in Biology (Biochemistry) in March 2012. Her Ph.D. thesis was devoted to molecular-biological study of Mycobacterium tuberculosis strains spread in St. Petersburg in different patient-groups and analysis of point mutations associated with drug resistance. She started her research work as a student of the University studying genetic diversity of HIV-1 isolates obtained among injecting drug users living in St. Petersburg. This work has been performed within bounds of the Russian HIV/AIDS vaccine development project. In 2006-2007 she attended Advanced Tuberculosis Laboratory Training (Wadsworth Center, New York State Department of Health, USA) funded by Fogarty International Center, NIH. After return to Russia she started to study M. tuberculosis complex strains spread in St. Petersburg and Leningrad region. Her scientific interests lie in the field of molecular biology of human pathogens and human genetic markers associated with infectious diseases.

    List of publications

    1. Chernyaeva E, Dobrynin P, Pestova N, Matveeva N, Zhemkov V, Kozlov A. Molecular genetic analysis of Mycobacterium tuberculosis strains spread in different patient groups in St. Petersburg, Russia. Eur J Clin Microbiol Infect Dis. 2012 Aug;31(8):1753-7. doi: 10.1007/s10096-011-1497-2. Epub 2011 Dec 8. PubMed PMID: 22160887.
    2. Chernyaeva E, Fedorova E, Zhemkova G, Korneev Y, Kozlov A. Characterization of multiple and extensively drug resistant Mycobacterium tuberculosis isolates with different ofloxacin-resistance levels. Tuberculosis (Edinb). 2013 May;93(3):291-5. doi: 10.1016/j.tube.2013.02.005. Epub 2013 Mar 13. PubMed PMID: 23491718.
    3. Chernyaeva EN, Shulgina MV, Rotkevich MS, Dobrynin PV, Simonov SA, Shitikov EA, Ischenko DS, Karpova IY, Kostryukova ES, Ilina EN, Govorun VM, Zhuravlev VY, Manicheva OA, Yablonsky PK, Isaeva YD, Nosova EY, Mokrousov IV, Vyazovaya AA, Narvskaya OV, Lapidus AL, O’Brien SJ. Genome-wide Mycobacterium tuberculosis variation (GMTV) database: a new tool for integrating sequence variations and epidemiology. BMC Genomics. 2014 Apr 25;15:308. doi: 10.1186/1471-2164-15-308. PubMed PMID: 24767249; PubMed Central PMCID: PMC4234438.
    4. Zimenkov DV, Kulagina EV, Antonova OV, Krasnova MA, Chernyaeva EN, Zhuravlev VY, Kuz’min AV, Popov SA, Zasedatelev AS, Gryadunov DA. Evaluation of a low-density hydrogel microarray technique for mycobacterial species identification. J Clin Microbiol. 2015 Apr;53(4):1103-14. doi: 10.1128/JCM.02579-14. Epub 2015 Jan 21. PubMed PMID: 25609722; PubMed Central PMCID: PMC4365248.
    5. Acosta F, Chernyaeva E, Mendoza L, Sambrano D, Correa R, Rotkevich M, Tarté M, Hernández H, Velazco B, de Escobar C, de Waard JH, Goodridge A. Mycobacterium bovis in Panama, 2013. Emerg Infect Dis. 2015 Jun;21(6). doi: 10.3201/eid2106.141821. PubMed PMID: 25988479.
    6. Velichko N, Chernyaeva E, Averina S, Gavrilova O, Lapidus A, Pinevich A. Consortium of the ‘bichlorophyllous’ cyanobacterium Prochlorothrix hollandica and chemoheterotrophic partner bacteria: culture and metagenome based description. Environ Microbiol Rep. 2015 May 20. doi: 10.1111/1758-2229.12298. [Epub ahead of print] PubMed PMID: 25990300.
    7. И. В. Духовлинов, Е. А. Федорова, Е. Г. Богомолова, О. А. Добровольская, Е. Н. Черняева, Р. И. Аль-Шехадат, А. С. Симбирцев. ПОЛУЧЕНИЕ РЕКОМБИНАНТНОГО БЕЛКА CRM197 В КЛЕТКАХ E. COLI. Инфекция и иммунитет 2015, Т. 5, No 1, с. 37–44
      DOI: http://dx.doi.org/10.15789/2220-7619-2015-1-37-44
    8. Trends in molecular epidemiology of drug-resistant tuberculosis in Republic of Karelia, Russian Federation
      Igor Mokrousov, Anna Vyazovaya, Natalia Solovieva, Tatiana Sunchalina, Yuri Markelov, Ekaterina Chernyaeva, Natalia Melnikova, Marine Dogonadze, Daria Starkova, Neliya Vasilieva, Alena Gerasimova, Yulia Kononenko, Viacheslav Zhuravlev, Olga Narvskaya
      BMC Microbiol. 2015; 15: 279. Published online 2015 December 18. doi: 10.1186/s12866-015-0613-3
      PMCID: PMC4683759
    9. Suvorov A, Dukhovlinov I, Leontieva G, Kramskaya T, Koroleva I, Grabovskaya K, Fedorova E, Chernyaeva E, Klimov N, Orlov A and Uversky V
      Chimeric Protein PSPF, a Potential Vaccine for Prevention Streptococcus pneumoniae Infection
      J Vaccines Vaccin 6:304. doi:10.4172/2157-7560.1000304
    10. Chernyaeva E. Biochemical mechanisms of Mycobacterium tuberculosis drug resistance // Vestnik St. Petersburg University. Ser. 3. 2012. Issue 2. P. 77–91.
    11. Chernyaeva E, Dobrynin P, Pestova N, Matveeva N, Zhemkov V, Kozlov. A. / Evaluation of mutations in gyrA and gyrB genes associated with ofloxacin-resistance and molecular-genetic characteristic of ofloxacin-resistant M. tuberculosis isolates revealed in St. Petersburg in 2008. // Vestnik St. Petersburg University, 2010. Series 3, V.4. P. 117-125
    12. E. Chernyaeva, A. Masharsky, S. Verevochkin, S. Gagarina, N. Klimov, A. Kozlov / Genetic Diversity of HIV-1 isolates Spread Among Injecting Drug Users in St. Petersburg // Physiology and Pathology of Immune System, 2007. V.11, №2, P. 9-14.

    Клаус Кофли

    My primary research interests are in evolutionary genomics, conservation genetics, and molecular ecology.

    I use genetic and genomic methods to understand the patterns and processes of divergence among genes, populations, and species. Through the Genome 10K project, I am currently involved in projects using next-generation sequencing technologies and comparative genomics to generate and analyze genomes across the vertebrate tree of life. I also use bioinformatic approaches to assemble and analyze phylogenomic data sets to test phylogenetic hypotheses and understand how variation in functional constraint can affect phylogenetic signal and gene tree/species tree reconstruction. I am especially interested in the molecular evolution of the mammalian order Carnivora (dogs, cats, bears and their kin) and my research uses population genetic and phylogenetic tools to elucidate the evolutionary history within and among carnivoran species in the context of paleoenvironmental history.

    My research also involves using molecular methods to address important issues in the conservation and management of biodiversity. This involves assessing the amount and distribution of genomic variation within populations using next-generation sequencing technologies, developing tools to enhance understanding of the abundance and distribution of species across their habitats, and using integrative data sets and species delimitation methods to confirm or update taxonomies.

    Николай Черкасов

    Главный специалист

    Николай является поистине ключевой персоной Центра, с самого раннего времени поддерживая всю информационную инфраструктуру, включая серверы, весь парк техники и используемого программного обеспечения.