On 19th July (Thursday) at 11:00 at the Dobzhansky Center for Genome Bioinformatics, St. Petersburg State University 41 Sredniy Prospekt, Vasilievsky Island (metro Vasileostrovskaya) Prof. Nikolay Alexandrov from Inari (USA) will give a talk «3000 rice genomes» which was done within the International Rice Project involving the International Rice Research Institute in Philippines and also lab of Pavel Pevzner at UCSD. It is gonna be a very exciting talk!
Please come and inform your colleagues from other institutions and departments who might be interested in the talk.

 

8 мая (Вторник) в 14:00 В Центре состоится семинар Алекса Зеликовского из Атланты: «Scalable Reconstruction of Intra-Host Viral Population from NGS Reads»

Highly mutable RNA viruses such as influenza A virus, human immunodeficiency virus and hepatitis C virus exist in infected hosts as highly heterogeneous populations of closely related genomic variants. The presence of low-frequency variants with few mutations with respect to major strains may result in an immune escape, emergence of drug resistance, and an increase of virulence and infectivity. Next-generation sequencing technologies permit detection of sample intra-host viral population at extremely great depth, thus providing an opportunity to access low-frequency variants. Long read lengths offered by single-molecule sequencing technologies allow all viral variants to be sequenced in a single pass. However, high sequencing error rates limit the ability to study heterogeneous viral populations composed of rare, closely related variants. This talk present sCliqueSNV, a novel reference-based method for reconstruction of viral variants from NGS data. It efficiently constructs an allele graph based on linkage between single nucleotide variations and identifies true viral variants by merging cliques of that graph using combinatorial optimization techniques. The new method outperforms existing methods in both accuracy and running time on experimental and simulated NGS data for titrated levels of known viral variants. For PacBio and Illumina reads, it accurately reconstructs variants with frequency as low as 0.1\% even a couple of mutations away from each other.

В Среду, 23 августа в 14:00 Анна Кукукова из Университета Иллинойс Генетический анализ ручных и диких серебристых лис; к вопросу об эксперименте академика Беляева в ННЦ

Ретрит 2017

Traditional Miniconference (retreat) for the lab’s staff and for guests on August 20-22 2017 in Druzhba hotel (Vyborg).

Журнальный клуб состоится в четверг 13 июля в 15:00. Анна Горбунова расскажет о статье “A global reference for human genetic variation” Nature 526, 68-74, 2015

Журнальный клуб состоится в четверг 22 июня в 15:00. Сергей Кливер расскажет о статье “An integrated map of structural variation in 2,504 human genomes” Nature 526, 75-81 (2015). Статья по результатм проекта 1000 геномов.

Журнальный клуб состоится в пятницу 9 июня в 14:00. Сергей Малов расскажет о статье A Genome-Wide Analysis of Populations from European Russia Reveals a New Pole of Genetic Diversity in Northern Europe 2013

Журнальный клуб состоится в четверг 1 июня в 14:00. Игорь Евсюков расскажет о статье Reconstructing genetic history of Siberian and Northeastern European populations. Genome Research CSHL 2016 http://www.genome.org/cgi/doi/10.1101/gr.202945.115

в четверг 25-го мая в 15:00. Антон Логачев представит статью: Whole-genome sequence variation, population structure and demographic history of the Dutch population. Nature Genetics. 2014. doi: 10.1038/ng.3021

В среду 19 апреля в 14:00. Даша Жернакова представит статью Genomic analyses inform on migration events during the peopling of Eurasia. 238 NATURE VOL 538, 13 OcTObER 2016 doi:10.1038/nature19792

Thursday, April 6 at 2:00pm Lab’s journal club Gaik Tamazian Rare variant discovery by deep whole-genome sequencing of 1,070 Japanese individuals. 2015, Nature Communications DOI: 10.1038/ncomms9018 www.nature.com/naturecommunications

в четверг 23 марта в 14:00 состоится journal club. Владимир Брюхин будет делать сообщение по статье «Swedish Population Substructure Revealed by GenomeWide Single Nucleotide Polymorphism Data», PLoS One, 2011, 6(2).

Среда 14.12.2016 в 14-00. Александрос Триантафиллидис (Alexandros Triantafyllidis, Aristotle University of Thessaloniki, Macedonia, Greece) выступит с докладом «Phylogenetic investigations of animals in Greece».

Monday, October 31 at 1:00 Jose Horacio Grau Museum für Naturkunde Berlin Current genomic projects at the Museum für Naturkunde Berlin

Tuesrday, October 25 at 11:30AM at Dobzhansky Center

Denis Larkin.

New approaches to vertebrate genome assembly at the chromosome level

Ретрит лаборатории им. Ф.Г.Добржанского в октябре 2016

Лаборатория «Центр геномной биоинформатики им Ф.Г.Добржанского» ежегодно проводит расширенные сессии, на которых сотрудники лаборатории и приглашенные участники рассказывают о своей работе, обмениваются идеями и мнениями. Такие семинары, проводимые обычно дважды в год получили название РЕТРИТ (от анг. retreat).

В этом году участниками ретрита были представители ректората университета, в том числе проректор по науке С.В.Аплонов, первый проректор И.А.Дементьев, а также директор научного парка СПбГУ С.В.Микушев и директор биобанка А.С.Глотов.
Таким образом ретрит стал развернутым представлением для ректората проекта “Российские геномы” и его основных исполнителей. С учетом ограниченности времени представителей ректората презентации были краткими, но содержательными.

Программа семинара-ретрит

Theodosius Dobzhansky Center for Genome Bioinformatics
St. Petersburg State University

9:00AM-1:00PM October 6

  • I. Intro, Goals and collecting specimens
    • S.O’Brien Introduction Goals and datasets
    • V.Brukhin Genome Russia samples
  • II. Lab protocols+ tracking
    • Anna Gorbunova Lab protocols for specimen processing
    • A.Logachov/A.Shevchenko /I.Evsyukov
  • III. Data and IT organization
    • N.Cherkasov IT capacity and needs
    • S.Simonov Websites
    • V.Rotkevich Databases
  • IV. Sequencing production and Platform Bake Off
    • D.Polev Peterhof sequencing to date
    • A.Yurchenko Bake-off description , analysis, findings
  • V. Analysis for Gene mutation discovery -new and known
    • A.Komissarov Overview of analytical findings
    • S.Kliver QC of sequence and SNV calls
    • S.Sidorov Multi sample alignment and SNV calls
    • K.Krasheninnikova Copy number variation
    • G.Tamazian Known mutations
    • D.Zhernakova Novel mutations
  • VI. Natural History
    • P.Dobrynin Population and demographic analysis
  • VII. Phenotypes
    • A.Shevchenko GWATCH gene association Application
    • S.Malov Statistics & mutations
    • Katya Chernyaeva TB Russia
  • VII. Closing
    • S.OBrien Summation

Среда 28 сентября 2016 14:00 Чупов Владимир Степанович (в.н.с. лаб. Биосистематики и цитологии БИН РАН): Новые элементы макро эволюционного процесса у покрытосеменных растений.

Семинар

Среда 7.09.2016 в 14-00. Гайк Тамазян выступит с докладом «Сравнение производительности R-реализаций критерия хи-квадрат для множественных сравнений»

Семинар

Внеочередное заседание семинара состоится в понедельник 29.08.2016 в 14-00. Prof. Baskar Rammamurthy (Indian Institute of Technology Madras (IITM)) выступит с докладом «Hybridization and parental age affects somatic mutation rates in Arabidopsis».

Семинар

Внеочередное заседание семинара состоится в среду 27.07.2016 в 15-00. Карпова Ирина Юрьевна (компания ООО «Рош Диагностика Рус») «Ожидание стало реальностью: одномолекулярное секвенирование от Рош»

Семинар

В пятницу 8.07.2016 в 14-00 состоится внеочередное заседание семинара по биоинформатике и вычислительной биологии. Андрей Юрченко выступит с докладом «Поиск патогенных мутаций в геномах пациентов с аутоимунным гепатитом»

Семинар

В четверг, 16 июня в 14:00 состоится семинар Александра Каганского (Университет Эдинбурга) Тема семинара «Метаболо-эпигенетика и рак»

Семинар

26 апреля в 16:30 Лев В. Уткин (каф. Телематики, Санкт-Петербургский политехнический университет Петра Великого) Простой и быстрый алгоритм полногеномного поиска ассоциаций посредством анализа пар объектов

Семинар

April 22 at 2:00pm Florence Haseltine (President of Haseltine Systems; Founder – Society for Women’s Health Research (SWHR); Emerita Scientist NIH) Global Virus Network – Planning for the Future

Семинар

20 апреля 2016 в 14:00 Олег Глотов: Молекулярно-генетическая диагностика у детей с редкими эндокринными заболеваниями в Северо- Западном регионе РФ с помощью технологии NGS

Очередное заседание семинара 13 апреля 2016

Очередное заседание семинара состоится в среду 13.04.2016 в 14-00. Антон Логачев выступит с докладом «Взаимосвязь компонентов цитоскелета и детергент-устойчивых мембран в процессе полярного роста гиф базидиомицета Schizophyllum commune».

Заседание состоится в здании лаборатории Ф.Добржанского по дресу Средний пр. в.о. 41а.

Семинар

6 апреля 2016 в 14:00 Алексей Николаевич Мешков(Руководитель лаборатории Молекулярной генетики ФГБУ ГНИЦПМ Минздрава России)
Исследование АТЕРОГЕН-ИВАНОВО (Изучение особенностей развития и прогрессирования атеросклероза различной локализации, в том числе с учетом генетических и эпигенетических факторов сердечно-сосудистого риска) субисследование ЭССЕ-РФ – дизайн, полученные результаты и планы.