В Среду, 23 августа в 14:00 Анна Кукукова из Университета Иллинойс Генетический анализ ручных и диких серебристых лис; к вопросу об эксперименте академика Беляева в ННЦ

Ретрит 2017

Traditional Miniconference (retreat) for the lab’s staff and for guests on August 20-22 2017 in Druzhba hotel (Vyborg).

Журнальный клуб состоится в четверг 13 июля в 15:00. Анна Горбунова расскажет о статье “A global reference for human genetic variation” Nature 526, 68-74, 2015

Журнальный клуб состоится в четверг 22 июня в 15:00. Сергей Кливер расскажет о статье “An integrated map of structural variation in 2,504 human genomes” Nature 526, 75-81 (2015). Статья по результатм проекта 1000 геномов.

Журнальный клуб состоится в пятницу 9 июня в 14:00. Сергей Малов расскажет о статье A Genome-Wide Analysis of Populations from European Russia Reveals a New Pole of Genetic Diversity in Northern Europe 2013

Журнальный клуб состоится в четверг 1 июня в 14:00. Игорь Евсюков расскажет о статье Reconstructing genetic history of Siberian and Northeastern European populations. Genome Research CSHL 2016 http://www.genome.org/cgi/doi/10.1101/gr.202945.115

в четверг 25-го мая в 15:00. Антон Логачев представит статью: Whole-genome sequence variation, population structure and demographic history of the Dutch population. Nature Genetics. 2014. doi: 10.1038/ng.3021

В среду 19 апреля в 14:00. Даша Жернакова представит статью Genomic analyses inform on migration events during the peopling of Eurasia. 238 NATURE VOL 538, 13 OcTObER 2016 doi:10.1038/nature19792

Thursday, April 6 at 2:00pm Lab’s journal club Gaik Tamazian Rare variant discovery by deep whole-genome sequencing of 1,070 Japanese individuals. 2015, Nature Communications DOI: 10.1038/ncomms9018 www.nature.com/naturecommunications

в четверг 23 марта в 14:00 состоится journal club. Владимир Брюхин будет делать сообщение по статье «Swedish Population Substructure Revealed by GenomeWide Single Nucleotide Polymorphism Data», PLoS One, 2011, 6(2).

Среда 14.12.2016 в 14-00. Александрос Триантафиллидис (Alexandros Triantafyllidis, Aristotle University of Thessaloniki, Macedonia, Greece) выступит с докладом «Phylogenetic investigations of animals in Greece».

Monday, October 31 at 1:00 Jose Horacio Grau Museum für Naturkunde Berlin Current genomic projects at the Museum für Naturkunde Berlin

Tuesrday, October 25 at 11:30AM at Dobzhansky Center

Denis Larkin.

New approaches to vertebrate genome assembly at the chromosome level

Ретрит лаборатории им. Ф.Г.Добржанского в октябре 2016

Лаборатория «Центр геномной биоинформатики им Ф.Г.Добржанского» ежегодно проводит расширенные сессии, на которых сотрудники лаборатории и приглашенные участники рассказывают о своей работе, обмениваются идеями и мнениями. Такие семинары, проводимые обычно дважды в год получили название РЕТРИТ (от анг. retreat).

В этом году участниками ретрита были представители ректората университета, в том числе проректор по науке С.В.Аплонов, первый проректор И.А.Дементьев, а также директор научного парка СПбГУ С.В.Микушев и директор биобанка А.С.Глотов.
Таким образом ретрит стал развернутым представлением для ректората проекта “Российские геномы” и его основных исполнителей. С учетом ограниченности времени представителей ректората презентации были краткими, но содержательными.

Программа семинара-ретрит

Theodosius Dobzhansky Center for Genome Bioinformatics
St. Petersburg State University

9:00AM-1:00PM October 6

  • I. Intro, Goals and collecting specimens
    • S.O’Brien Introduction Goals and datasets
    • V.Brukhin Genome Russia samples
  • II. Lab protocols+ tracking
    • Anna Gorbunova Lab protocols for specimen processing
    • A.Logachov/A.Shevchenko /I.Evsyukov
  • III. Data and IT organization
    • N.Cherkasov IT capacity and needs
    • S.Simonov Websites
    • V.Rotkevich Databases
  • IV. Sequencing production and Platform Bake Off
    • D.Polev Peterhof sequencing to date
    • A.Yurchenko Bake-off description , analysis, findings
  • V. Analysis for Gene mutation discovery -new and known
    • A.Komissarov Overview of analytical findings
    • S.Kliver QC of sequence and SNV calls
    • S.Sidorov Multi sample alignment and SNV calls
    • K.Krasheninnikova Copy number variation
    • G.Tamazian Known mutations
    • D.Zhernakova Novel mutations
  • VI. Natural History
    • P.Dobrynin Population and demographic analysis
  • VII. Phenotypes
    • A.Shevchenko GWATCH gene association Application
    • S.Malov Statistics & mutations
    • Katya Chernyaeva TB Russia
  • VII. Closing
    • S.OBrien Summation

Среда 28 сентября 2016 14:00 Чупов Владимир Степанович (в.н.с. лаб. Биосистематики и цитологии БИН РАН): Новые элементы макро эволюционного процесса у покрытосеменных растений.

Семинар

Среда 7.09.2016 в 14-00. Гайк Тамазян выступит с докладом «Сравнение производительности R-реализаций критерия хи-квадрат для множественных сравнений»

Семинар

Внеочередное заседание семинара состоится в понедельник 29.08.2016 в 14-00. Prof. Baskar Rammamurthy (Indian Institute of Technology Madras (IITM)) выступит с докладом «Hybridization and parental age affects somatic mutation rates in Arabidopsis».

Семинар

Внеочередное заседание семинара состоится в среду 27.07.2016 в 15-00. Карпова Ирина Юрьевна (компания ООО «Рош Диагностика Рус») «Ожидание стало реальностью: одномолекулярное секвенирование от Рош»

Семинар

В пятницу 8.07.2016 в 14-00 состоится внеочередное заседание семинара по биоинформатике и вычислительной биологии. Андрей Юрченко выступит с докладом «Поиск патогенных мутаций в геномах пациентов с аутоимунным гепатитом»

Семинар

В четверг, 16 июня в 14:00 состоится семинар Александра Каганского (Университет Эдинбурга) Тема семинара «Метаболо-эпигенетика и рак»

Семинар

26 апреля в 16:30 Лев В. Уткин (каф. Телематики, Санкт-Петербургский политехнический университет Петра Великого) Простой и быстрый алгоритм полногеномного поиска ассоциаций посредством анализа пар объектов

Семинар

April 22 at 2:00pm Florence Haseltine (President of Haseltine Systems; Founder – Society for Women’s Health Research (SWHR); Emerita Scientist NIH) Global Virus Network – Planning for the Future

Семинар

20 апреля 2016 в 14:00 Олег Глотов: Молекулярно-генетическая диагностика у детей с редкими эндокринными заболеваниями в Северо- Западном регионе РФ с помощью технологии NGS

Очередное заседание семинара 13 апреля 2016

Очередное заседание семинара состоится в среду 13.04.2016 в 14-00. Антон Логачев выступит с докладом «Взаимосвязь компонентов цитоскелета и детергент-устойчивых мембран в процессе полярного роста гиф базидиомицета Schizophyllum commune».

Заседание состоится в здании лаборатории Ф.Добржанского по дресу Средний пр. в.о. 41а.

Семинар

6 апреля 2016 в 14:00 Алексей Николаевич Мешков(Руководитель лаборатории Молекулярной генетики ФГБУ ГНИЦПМ Минздрава России)
Исследование АТЕРОГЕН-ИВАНОВО (Изучение особенностей развития и прогрессирования атеросклероза различной локализации, в том числе с учетом генетических и эпигенетических факторов сердечно-сосудистого риска) субисследование ЭССЕ-РФ – дизайн, полученные результаты и планы.

Семинар

30 марта 2016 в 14:00 Владимир Брюхин: Секвенирование, сборка и аннотация высоко гетерозиготного генома апомиктного растения Boechera divaricarpa

Visit and Seminar

2016.3.3

Профессор Калифорнийского унивеситета в Лос-Анжелесе Татьяна Татаринова проведет научный семинар по этногенетике и геномном родстве северо-американских индейцев и коренных жителей Восточной Сибири в Центре геномной биоинформатики им. Ф.Добржанского.