Краткий ретрит-отчет

Краткий ретрит-отчет проходил 1 февраля 2018 в Центре им. Ф.Добржанского, в котором приняли участие представители Администрации Университета и сотрудники Центра.
Были представлены доклады Стефана О’Брайена, Владимира Брюхина, Павла Добрынина и Дмитрия Полева.
Кроме того выступали Сергей Аплонов, Валерий Пузырей и Геннадий Васильев.

Поздравляем

Проект №17-14-01138 под руководством О’Брайен С.Д.
«Улучшение и сравнительный анализ геномов семейства Felidae с помощью новых технологий секвенирования»
победил на конкурсе 2017 года на получение грантов Российского научного фонда по приоритетному направлению деятельности Российского научного фонда «Проведение фундаментальных научных исследований и поисковых научных исследований отдельными научными группами»
Полный список победителей доступен здесь — http://www.rscf.ru/sites/default/files/docfiles/ONG_2017.pdf

Ретрит лаборатории им. Ф.Г.Добржанского в октябре 2016

Лаборатория «Центр геномной биоинформатики им Ф.Г.Добржанского» ежегодно проводит расширенные сессии, на которых сотрудники лаборатории и приглашенные участники рассказывают о своей работе, обмениваются идеями и мнениями. Такие семинары, проводимые обычно дважды в год получили название РЕТРИТ (от анг. retreat).

В этом году участниками ретрита были представители ректората университета, в том числе проректор по науке С.В.Аплонов, первый проректор И.А.Дементьев, а также директор научного парка СПбГУ С.В.Микушев и директор биобанка А.С.Глотов.
Таким образом ретрит стал развернутым представлением для ректората проекта “Российские геномы” и его основных исполнителей. С учетом ограниченности времени представителей ректората презентации были краткими, но содержательными.

Программа семинара-ретрит

Theodosius Dobzhansky Center for Genome Bioinformatics
St. Petersburg State University

9:00AM-1:00PM October 6

  • I. Intro, Goals and collecting specimens
    • S.O’Brien Introduction Goals and datasets
    • V.Brukhin Genome Russia samples
  • II. Lab protocols+ tracking
    • Anna Gorbunova Lab protocols for specimen processing
    • A.Logachov/A.Shevchenko /I.Evsyukov
  • III. Data and IT organization
    • N.Cherkasov IT capacity and needs
    • S.Simonov Websites
    • V.Rotkevich Databases
  • IV. Sequencing production and Platform Bake Off
    • D.Polev Peterhof sequencing to date
    • A.Yurchenko Bake-off description , analysis, findings
  • V. Analysis for Gene mutation discovery -new and known
    • A.Komissarov Overview of analytical findings
    • S.Kliver QC of sequence and SNV calls
    • S.Sidorov Multi sample alignment and SNV calls
    • K.Krasheninnikova Copy number variation
    • G.Tamazian Known mutations
    • D.Zhernakova Novel mutations
  • VI. Natural History
    • P.Dobrynin Population and demographic analysis
  • VII. Phenotypes
    • A.Shevchenko GWATCH gene association Application
    • S.Malov Statistics & mutations
    • Katya Chernyaeva TB Russia
  • VII. Closing
    • S.OBrien Summation

Письмо из Министерства Образования и Науки РФ

Очень позитивная оценка деятельности Центра, выраженная в письме и в заключении по проекту.

Конференция по популяционной генетике «Геном России» в Гиперкубе Сколково

 

Весенний Ретрит 2016г.

На прошедших выходных сотрудники Лаборатории провели очередную весеннюю конференцию (ретрит), на которой каждый рассказал о своей работе и своих достижениях за последние месяцы

Visit and Seminar

2016.3.3

Профессор Калифорнийского унивеситета в Лос-Анжелесе Татьяна Татаринова проведет научный семинар по этногенетике и геномном родстве северо-американских индейцев и коренных жителей Восточной Сибири в Центре геномной биоинформатики им. Ф.Добржанского.

Delegation visit

2016.2.28

В ближайшее время ожидается приезд в СПбГУ и в частности в Центр геномной биоинформатики им. Ф.Добржанского научной делегации из Тегеранского университета (Ирана). Предполагается проведение совместного семинара и обсуждения программы возможного сотрудничества.

Genome Russia samples

2016.2.20

К настоящему времени для Проекта «Российские Геномы», который выполняется Лабораторией «Центр геномной биоинформатики им. Ф.Добржанского», собрано более 917 образцов крови представителей Башкирии, Кабардино-Балкарии, Калмыкии, Карачаево-Черкесии, Коми, Татарстана, Чечни, Красноярского края, Приморского края, Хабаровского края, Архангельска, Нижнего Новгорода, Псковской области, Новгородской области, Тверской области и Санкт-Петербурга. Существенная часть образцов уже прошла процесс выделения ДНК, проверки качества и подготовки к секвенированию. Первые 4 образца ДНК отсеквенированы на полногеномном уровне на платформе Illumina 2500. При этом была продемонстрирована как возможность проведения полногеномного секвенирования силами университета так и необходимость улучшения качества процесса.

Retreat in April 2016

2016.1.25

Традиционная выездная конференция сотрудников Центра геномной биоинформатики им. Ф.Добржанского и приглашенных гостей, так называемый retreat, будет проходить в апреле 2016 года.

Congratulation

2015.12.15

По итогам совместного конкурса исследовательских проектов РФФИ – Департамент Науки и Технологии Правительства Индии 2015 г. в котором приняли участие 145 проектов, одним из 50-ти победителей стал проект «Закрепление гибридной силы посредством бесполого размножения — генетический скрининг, направленный на индукцию апомиксиса у цветковых растений». Руководитель проекта — в.н.с. Лаборатории «Центр геномной биоинформатики им. Ф.Добржанского» В.Б.Брюхин. Поздравляем!

Congratulation

2015.11.20

По итогам совместного конкурса РФФИ — Швейцарский национальный научный фонд (SNSF) одним из победителей стал проект «Секвенирование, сборка и аннотация высоко гетерозиготного генома апомиктного растения Boechera divaricarpa». Руководители проекта: в.н.с. Лаборатории «Центр геномной биоинформатики им. Ф.Г. Добржанского» В.Б.Брюхин и проф. Цюрихского университета Ули Гроссниклаус. Поздравляем!

Новые возможности

Новые возможности

Объявление о курсе “Recent Advances in Conservation Genetics” Январь, 12 – 22, 2015

Американская ассоциация генетики совместно с Университетом Пуэрто-Рико представляет 10-дневный интенсивный курс, который будет проходить 17-22 января 2015 г. под руководством д-ра С.Д. О Брайена. Вести его будут известные ученые, ведущие эксперты в области методологии, интерпретации, а также использования молекулярно-генетического анализа для сохранения видов, находящихся под угрозой исчезновения. Специалисты расскажут о своем личном опыте работы в этом общественно-важном направлении.

http://congen2015.com/

Cеминар «Современные проблемы биоинформатики и компьтерной биологии»

7-8 июля центр геномной биоинформатики имени Добржанского Санкт-Петербургского государственного университета проводит двухдневный семинар (ретрит) «Современные проблемы биоинформатики и компьтерной биологии». На семинаре выступят с докладами сотрудники и аспиранты центра геномной биоинформатики СПбГУ, а также академического университета, гости из московских научных институтов и иностранные ученые. На семинаре будут обсуждаться вопросы сборки последовательностей геномов и аннотации геномов позвоночных. вопросы ассоциативной гентики, проблемы биоразнообразия и эволюции геномов.

Программа
Тезисы

Конференция «Десять тысяч геномов 2015″

1 марта 2015 (Вс)17:00 — 5 марта, 2015 17:00 (Чт)
Место проведения: Chaminade Resort, Santa Cruz, CA, USA
Организатор: David Haussler, UC Santa Cruz

https://genome10k.soe.ucsc.edu/events/event/14

Конференция «Десять тысяч геномов-2015″ собирает вместе ученых и аналитиков — членов научного сообщества «Десять тысяч геномов» (Genome10K Community of Scientists,G10KCOS). Во встрече примут участие специалисты в области зоологи, генетики, биоинформатики, технической и программной инженерии, занимающиеся упрощением процесса секвенирования и анализа геномов более тысячи видов позвоночных. (more…)

Летняя школа по биоинформатике

Летняя школа проводится ежегодно для студентов, изучающих биоинформатику, а также студентов старших курсов, аспирантов и молодых ученых математических, технических и биологических специальностей, интересующихся биоинформатикой и желающих развиваться в этом направлении.

В 2014 году школа будет проходить с 27 июля по 1 августа в Санкт-Петербурге.

http://bioconf.spbu.ru/bioinfoschool

«Plagues, Populations & Survival», Professor Stephen J O’Brien

The gold rush of whole genome sequences spurred by the human genome project, is heralding a new way to study the previously unanswerable from pre-history; allowing us to now mine the genomic footprints of ancient defining events of humankind and other mammals. As early paleontologists conjured up extinct forms based on fossil remains, genetic archaeologists reconstruct the origins of genomic patterns derived from ancient demographic episodes. (more…)

Семинар, посвященный обзору продукции компании Agilent Technologies

Уважаемые коллеги!

Приглашаем на семинар, посвященный обзору продукции компании Agilent Technologies для геномики, который состоится 12 февраля в 14:00 в лаборатории биоинформатики им. Добржанского (Средний пр., 41).
На семинаре будут раскрыты следующие темы:

  • Обзор продукции Agilent Technologies для Геномики
  • Целевое обогащение для NGS
  • Технология микрочипов (сравнительная геномная гибирдизация, экспрессия, микро РНК)
  • Ферменты Agilent для мол.биологии (Agilent купил в 2008 году Stratagene)
  • Биоанализатор 2100 и 2200, решения.

Планируется, что семинар продлится 2 часа.

The Oldest Big Cat, From the Roof of the World

The Oldest Big Cat, From the Roof of the World
by Ed Yong

http://phenomena.nationalgeographic.com/2013/11/13/the-oldest-big-cat-from-the-roof-of-the-world/

Семинары Тараса Олексика, профессора Университета Пуэрто Рико

На следующей неделе нашу лабораторию посетит проф. Тарас Олексик, сотрудник Университета Пуэрто Рико. Наш гость проведет три семинара, а также познакомится с работой лаборатории и поделится своим профессиональным опытом. Информация по темам и краткое содержание семинаров представлены ниже (если Вам хотелось бы присутствовать, но Вас нет в нашем списке рассылок объявлений о семинарах, напишите Валентине и мы оповестим Вас о каких-либо изменениях в предполагаемых датах семинаров).

(more…)

Внимание, вакансии

Дорогие коллеги!

С радостью сообщаем вам, что СПбГУ одобрил заявку нашей лаборатории на получение финансирования для 3 ставок постдоков («стажер-исследователь») в рамках выделения средств по грантам постдоков. Подробную информацию о гранте см. на официальном сайте СПбГУ http://spbu.ru/science/konkurs-grantov-dlya-kadrovoj-podderzhki-nauchnykh-issled.

(more…)

Летняя школа биоинформатики

Даты: 29 июля-5 августа 2013 г.

Место: Москва

C 29 июля по 5 августа 2013 года Институт биоинформатики и СПб АУ РАН приглашают студентов, аспирантов и молодых ученых математических, технических и биологических специальностей принять участие в первой Летней школе по биоинформатике в Москве. Участие бесплатное, проводится конкурсный отбор. Прием заявок до 15 июня. По результатам конкурса авторам лучших анкет будут возмещены расходы на проживание и проезд.
(more…)

Школа молодых ученых

Глубокоуважаемые коллеги!
С 19 по 21 июля 2013 г. в Институте химической биологиии фундаментальной медицины СО РАН пройдет школа молодых ученых "Геномное секвенирование и анализ данных".
(more…)

Международная конференция «Высокопроизводительное секвенирование в геномике» Новосибирск, 21-25 июля 2013 г.

С 21 по 25 июля 2013 г. Институт химической биологии и фундаментальной медицины СО РАН совместно с Институтом клеточной и молекулярной биологии СО РАН проводят международную конференцию «Высокопроизводительное секвенирование в геномике». (more…)

3rd Genome10K Community of Scientists Workshop and Conference to be held in Hollywood, Florida USA April 24 — 28, 2013.

http://confg10k.com/

American Humane Association announces three new senior fellows for humane research institutes

Американская ассоциация гуманности (The American Humane Association — AHA)-  единственная организация, занимающейся исследованиями одновременно в области благосостояния детей и животных. Образована в 1877 и состоит из двух основных подразделений: институт исследования благосостояния животных и институт инноваций в области благосостояния детей. Миссия организации – через решение ряда конкретных задач достигнуть улучшения благосостояния детей и животных, укрепить связь между человеком и животными во благо и тем, и другим. Ассоциация реализует 15 программ, проводит обучение в связанных с ее деятельностью сферах, имеет международную поддержку и активно привлекает людей и организации к сотрудничеству.
(more…)