Research Project Portals

Джоан Понтиус 

Joan Pontius is a bioinformatics expert with an emphasis in comparative genomics and gene expression in vertebrates. She has worked in the United States at the National Center for Bioinformatics (NCBI) on the UniGene project, has played a lead role in the annotation of the cat genome assembly at the Laboratory of Genomic Diversity (LGD), and is currently working for SRA International as a scientist for the project of The Cancer Genome Atlas (TCGA).

 

 

 

 

 

Научно-исследовательские проекты Центра

Проект Российские геномы

Санкт-Петербургский государственный университет

Проект Российские геномы

Гены являются основной «инструкцией» для функционирования клеток, из которых состоит организм человека. Гены входят в состав геномной ДНК. Более 99% последовательностей ДНК у всех людей идентично. Однако не существует двух людей, имеющих полностью одинаковую последовательность ДНК, за исключением однояйцевых близнецов. Индивидуальные отличия последовательностей ДНК называются генетическими вариациями. Они объясняют некоторые физические различия между людьми и частично объясняют почему у одних людей возникают такие болезни, как рак, диабет, астма, депрессия, в то время как у других этих болезней не бывает. На возникновение упомянутых выше заболеваний могут оказывать влияние такие факторы, как диета, физические упражнения, курение и загрязнение окружающей среды, что затрудняет точное выяснение, какие именно гены влияют на болезни.

Целями проекта «Российские геномы» является создание открытой компьютерной базы данных, содержащей анонимную информацию о полногеномных последовательностях по меньшей мере от 3000 мужчин и женщин из разных регионов России, чьи предки являются коренными жителями данного региона в нескольких поколениях, а также описание вариаций в геноме у этих групп, определение особенностей, влияющих на распространение заболеваний и создание информационной базы медицински-значимых геномных вариантов, характерных для населения России, что станет основой для разработки принципов медицины будущего.

GWATCH is a web-based genome browser designed to automate analysis, visualization and release of data from genome-wide association studies (GWAS) and whole genome sequence association studies of genetic epidemiological cohorts.

GWATCH - web-based genome browser for genome-wide association studies

GWATCH is a web-based genome browser designed to automate analysis, visualization and release of data from genome-wide association studies (GWAS) and whole genome sequence association studies of genetic epidemiological cohorts. For any association study, GWATCH allows cataloging and viewing of significant statistical results of association tests (p-values, odds ratios, hazard ratios and others) for single or multiple variants (SNP, indels, CNV), for single or multiple tests.

GWAS data are collected and subjected to quality control (call rates by individual and by SNP etc.) by the researchers. Statistical association tests are designed to help detect genetic differences among study groups with alternative phenotypes or disease outcomes. Each SNP-test combination includes information on patient counts by category, p-values and a Quantitative Association Statistic (QAS, a general term for statistics explaining direction and strength of associations: odds ratio, hazard ratio, relative hazard and so on, depending on the particular statistical test). An unabridged data file listing association test, categorical patient counts, p-values and QAS for each SNP-test combination comprises the initial input to GWATCH.

Genome-based Mycobacterium Tuberculosis Variation Database

Исследование геномов клинических штаммов возбудителя туберкулеза - Mycobacterium tuberculosis, посвящено поиску маркеров, ассоциированных с клиническими и микробиологическими характеристиками патогена на основе данных полногеномного секвенирования. Сотрудниками Центра создана база данных геномных вариаций штаммов M. tuberculosis, распространенных по всему миру, объединяющая генетические, клинические, микробиологические и географические данные (GMTV). Исследования ведутся совместно с Санкт-Петербургским НИИ фтизиопульмонологии, Санкт-Петербургским НИИ эпидемиолонии и микробиологии им. Пастера, и поддержаны грантами РФФИ и СПбГУ.

Анализ взаимодействия опухоли и микроокружения на уровне одиночных клеток при фолликулярной лимфами

Фолликулярная лимфома

Проект направлен на изучение фундаментальных основ взаимодействия опухоли и микроокружения при фолликулярной лимфоме, злокачественной опухоли лимфатической системы. Несмотря на эффективность терапии первой линии, обеспечивающей подавление роста опухолевых клеток, это заболевание остается неизлечимым и у 20% пациентов наблюдается рецидив в течение первых двух лет терапии. Понимание механизмов развития резистентности и поиск ранних прогностических маркеров остается одной из актуальных задач.

Фолликулярная лимфома представляет собой сложноорганизованную структуру, и помимо трансформированных В-лимфоцитов содержит широкий спектр неопухолевых клеток. Было показано, что клеточный состав неопухолевого микроокружения влияет на результаты терапии, однако конкретные механизмы межклеточных взаимодействий, приводящие к развитию резистентности, остаются до сих пор неизвестными.

Assembly, Annotation, and Comparative Analysis of Apomictic Boechera Species Genome

Сборка, аннотация и сравнительный анализ генома апомиксного вида Boechera

Apomixis is asexual way of plant reproduction through seeds, which could be found in more than 400 plant species representing almost 40 families. It is believed that apomixis evolved independently in several taxa from sexual ancestors. Apomixis could be considered as a developmental variation of sexual reproduction in which some steps are lost, reduced, deregulated or desynchronized (Fig.1). The main features of gametophytic apomixis are:

  • Avoidance of meiosis (apomeiosis);
  • Embryo formation via parthenogenesis;
  • Functional endosperm develops either autonomously or pseudogamously (central cell fertilized by sperm cell).

Thus, apomictic and sexual reproduction are closely related and share many regulatory components. Molecular and genetic basis underlying apomixis and amphymixis (sexual reproduction) regulation still remains poorly understood. If apomixis is engineered in crop plants that will revolutionize agriculture as heterosis can permanently be fixed in many consecutive plant generations. So, a better understanding of the molecular basis of apomixis is important. The potential of apomixis as a next generation technology for plant breeding attracts huge interest of scientists to elucidate the molecular and genetic mechanisms of its regulation.

Феодосий Григорьевич Добржанский, советский и американский генетик российского происхождения, энтомолог, один из основателей синтетической теории эволюции.

Больше информации о ...

Главный научный сотрудник

Стефан Джеймс О’Брайен руководил лабораторией геномного разнообразия Национального ракового института Национального института здоровья с 1986 по 2011...

Владимир Брюхин 

Заместитель директора

Ведущий научный сотрудник

Владимир Борисович Брюхин начал работу в Центре геномной биоинформатики ...

Сотрудники

Руководство

Старшие сотрудники

Сотрудики

Административные сотрудники

Постдоки

Партнеры по проектам

Бывшие Сотрудники

  • Алексей Макунин
  • Алла Лапидус
  • Андрей Юрченко
  • Валентина Мельникова
  • Владимир Красиков
  • Елизавета Луценко
  • Кирилл Григорьев
  • Мария Чиркова
  • Ольга Баженова
  • Guan Li
  • Nesli Avgan

Лабораторные новости

Очередное заседание семинара состоится в среду 24.10.2018 в 15-00.
Сергей Хосид (Центр геномной биоинформатики им. Ф.Добржанского) выступит с докладом "Высокая экспрессия регулирующих микро-РНК в CD146 в поздних эндотелиальных клетках-предшественниках (EPC) подтверждают существование «истинных» предварительных EPC" ("High Expression of CD146-Regulating MicroRNAs in Late EPCs Confirm Existence of “True” Pre-late EPCs").

Принято решение возобновить работу семинара по Биоинформатике и вычислительной биологии в Центре геномной биоинформатики им. Ф. Добржанского, СПбГУ, по адресу Средний пр. в.о. 41а.
Очередное заседание семинара состоится в среду 17.10.2018 в 15-00. Малов Сергей (Центр геномной биоинформатики им. Ф.Добржанского) выступит с докладом "Об усовершенствованном методе анализа путей перемещения генов и поиска генетических барьеров" ("On an advanced framework for genes flow and genes flow barriers analysis").
Заседание состоится в здании лаборатории Ф.Добржанского по адресу Средний пр. в.о. 41а в 15-00.

Новости

Поздравляем профессора Стефана О’Брайена с присвоением звания академика Национальной Академии США

Краткий ретрит-отчет проходил 1 февраля 2018 в Центре им. Ф.Добржанского, в котором приняли участие представители Администрации Университета и сотрудники Центра. Были представлены доклады Стефана О’Брайена, Владимира Брюхина, Павла Добрынина и Дмитрия Полева. Кроме того выступали Сергей Аплонов, Валерий Пузырев и Геннадий Васильев.

Гости

Проф Николай Александров from Inari (USA)

Алекс Зеликовский (Atlanta)

Конкурсы и гранты. Новости.

Конкурс на лучший проект организации на территории России международных научных мероприятий в области молекулярной биологии Заявки принимаются 07.08.2018 23:59

Конкурс на лучшие проекты, выполняемые молодыми учеными (Эврика! Идея), проводимого совместно РФФИ и Фондом поддержки научно-проектной деятельности студентов, аспирантов и молодых ученых «Национальное интеллектуальное развитие» Заявки принимаются 06.09.2018 23:59

Nearest Seminars