Research Project Portals

Стефан Дж. ОБрайен 

Директор

I welcome you to the Site of the brand new Center of Genome Informatics at St Petersburg State University. The Center is named to honor the seminal research and mentorring contributions of Professor Theodosius Dobzhansky who is considered the father of empirical populations genetics.

Dobzhansky began his studies of genetics as a young faculty member at St Petersburg State University in the 1920s before immigrating to Columbia University in New York to study with Thomas Hunt Morgan and the amazing “Drosophila fly “ group. His voluminous and insightful work has been an inspiration to a generation of gene and genome scientists who have embraced his appreciation for the value natural population assessment. His legacy includes a plethora of productive students (notably Richard Lewontin, Bruce Wallace, Francisco Ayala, Wyatt Anderson, Jeff Powell and many more innovators of population genetic theory and practice). In step with (actually at times in conflict with) the giants of theoretical population genetics of his day (Sewell Wright, Jim Crow, Motoo Kimura), Dobzhansky’s team set the stage for applications in today’s genome wide association studies (GWAS) in human and model species, forensic identifications in capitol crime scenes, and conservation genetics, three fields to which I have been honored to have contributed.

The Dobzhansky Center is dedicated to building a strong forward-thinking group of genome and computer scientists to generate and interpret the massive datasets of our genomic era. At first, we will act as a training center dedicated to producing capable and innovation junior investigators in genome informatics. Their applications shall complement and perhaps invigorate research discoveries in human and comparative medicine as well as in evolutionary and conservation genomics. I had the privilege to have learned in my youth so much from Professor Dobzhansky and his students, that I am hoping that the faculty and fellows that make us the Dobzhansky Center would give back to the Russian students of genetics a taste of the honey that Dobzhansky and his contemporaries have seeded.

Stephen J Obrien
April 2, 2012

Научно-исследовательские проекты Центра

Проект Российские геномы

Санкт-Петербургский государственный университет

Проект Российские геномы

Гены являются основной «инструкцией» для функционирования клеток, из которых состоит организм человека. Гены входят в состав геномной ДНК. Более 99% последовательностей ДНК у всех людей идентично. Однако не существует двух людей, имеющих полностью одинаковую последовательность ДНК, за исключением однояйцевых близнецов. Индивидуальные отличия последовательностей ДНК называются генетическими вариациями. Они объясняют некоторые физические различия между людьми и частично объясняют, почему у одних людей возникают такие болезни, как рак, диабет, астма, депрессия и пр., в то время как у других этих болезней не бывает. На возникновение упомянутых выше заболеваний могут оказывать влияние такие факторы, как диета, физические упражнения, курение и загрязнение окружающей среды, что затрудняет точное выяснение, какие именно гены влияют на болезни.

GWATCH is a web-based genome browser designed to automate analysis, visualization and release of data from genome-wide association studies (GWAS) and whole genome sequence association studies of genetic epidemiological cohorts.

GWATCH - web-based genome browser for genome-wide association studies

GWATCH is a web-based genome browser designed to automate analysis, visualization and release of data from genome-wide association studies (GWAS) and whole genome sequence association studies of genetic epidemiological cohorts. For any association study, GWATCH allows cataloging and viewing of significant statistical results of association tests (p-values, odds ratios, hazard ratios and others) for single or multiple variants (SNP, indels, CNV), for single or multiple tests.

Genome-based Mycobacterium Tuberculosis Variation Database

Исследование геномов клинических штаммов возбудителя туберкулеза - Mycobacterium tuberculosis, посвящено поиску маркеров, ассоциированных с клиническими и микробиологическими характеристиками патогена на основе данных полногеномного секвенирования. Сотрудниками Центра создана база данных геномных вариаций штаммов M. tuberculosis, распространенных по всему миру, объединяющая генетические, клинические, микробиологические и географические данные (GMTV). Исследования ведутся совместно с Санкт-Петербургским НИИ фтизиопульмонологии, Санкт-Петербургским НИИ эпидемиолонии и микробиологии им. Пастера, и поддержаны грантами РФФИ и СПбГУ.

Анализ взаимодействия опухоли и микроокружения на уровне одиночных клеток при фолликулярной лимфами

Фолликулярная лимфома

Проект направлен на изучение фундаментальных основ взаимодействия опухоли и микроокружения при фолликулярной лимфоме, злокачественной опухоли лимфатической системы. Несмотря на эффективность терапии первой линии, обеспечивающей подавление роста опухолевых клеток, это заболевание остается неизлечимым и у 20% пациентов наблюдается рецидив в течение первых двух лет терапии. Понимание механизмов развития резистентности и поиск ранних прогностических маркеров остается одной из актуальных задач.

Assembly, Annotation, and Comparative Analysis of Apomictic Boechera Species Genome

Сборка, аннотация и сравнительный анализ геномов апомиктичных видов Boechera

Руководитель проекта В.Б.Брюхин

Apomixis is asexual way of plant reproduction through seeds, which could be found in more than 400 plant species representing almost 40 families. It is believed that apomixis evolved independently in several taxa from sexual ancestors. Apomixis could be considered as a developmental variation of sexual reproduction in which some steps are lost, reduced, deregulated or desynchronized (Fig.1). The main features of gametophytic apomixis are:

  • Avoidance of meiosis (apomeiosis);
  • Embryo formation via parthenogenesis;
  • Functional endosperm develops either autonomously or pseudogamously (central cell fertilized by sperm cell).

Феодосий Григорьевич Добржанский, советский и американский генетик российского происхождения, энтомолог, один из основателей синтетической теории эволюции.

Больше информации о ...

Стефан Джеймс О'Брайен 

Главный научный сотрудник, научный консультант  

Стефан Джеймс О’Брайен руководил лабораторией геномного разнообразия Национального ...

Владимир Брюхин 

Ведущий научный сотрудник, И.о. руководителя

Владимир Борисович Брюхин начал работу в Центре геномной биоинформатики им. ...

Лабораторные новости

На сайте СПбГУ опубликована статья о проекте. Статья посвящена научной публикации сотрудников Центра.

27 сентября 2019 (пятница) в 14:00: Dr. Kirill Vinnikov from Hawaii University (USA) and head of the lab at the Far Eastern Federal University (Vladivostok) "Exome sequencing of non-model species"