Research Project Portals

На сайте СПбГУ опубликована статья о проекте. Статья посвящена научной публикации сотрудников Центра.

Новая статья по проекту "Российские геномы" принята к публикации.

Daria V. Zhernakova, Vladimir Brukhin, Sergey Malov, Taras K. Oleksyk, Klaus Peter Koepfli, Anna Zhuk, Pavel Dobrynin, Sergei Kliver, Nikolay Cherkasov, Gaik Tamazian, Mikhail Rotkevich, Ksenia Krasheninnikova, Igor Evsyukov, Sviatoslav Sidorov, Anna Gorbunova, Ekaterina Chernyaeva, Andrey Shevchenko, Sofia Kolchanova, Alexei Komissarov, Serguei Simonov, Alexey Antonik, Anton Logachev, Dmitrii E. Polev, Olga A. Pavlova, Andrey S. Glotov, Vladimir Ulantsev, Ekaterina Noskova, Tatyana K. Davydova, Tatyana M. Sivtseva, Svetlana Limborska, Oleg Balanovsky, Vladimir Osakovsky, Alexey Novozhilov, Valery Puzyrev, Stephen J. O'Brien,
Genome-wide sequence analyses of ethnic populations across Russia,
Genomics, 2019,
 
ISSN 0888-7543,
https://doi.org/10.1016/j.ygeno.2019.03.007.
(http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0888754318307419)
Abstract: The Russian Federation is the largest and one of the most ethnically diverse countries in the world, however no centralized reference database of genetic variation exists to date. Such data are crucial for medical genetics and essential for studying population history. The Genome Russia Project aims at filling this gap by performing whole genome sequencing and analysis of peoples of the Russian Federation. Here we report the characterization of genome-wide variation of 264 healthy adults, including 60 newly sequenced samples. People of Russia carry known and novel genetic variants of adaptive, clinical and functional consequence that in many cases show allele frequency divergence from neighboring populations. Population genetics analyses revealed six phylogeographic partitions among indigenous ethnicities corresponding to their geographic locales. This study presents a characterization of population-specific genomic variation in Russia with results important for medical genetics and for understanding the dynamic population history of the world's largest country.

Каждый понедельник в Лаборатории проводится собрание работников для обсуждения текущих проблем и новостей. Время начала собрания - 15:00

Научно-исследовательские проекты Центра

Проект Российские геномы

Санкт-Петербургский государственный университет

Проект Российские геномы

Гены являются основной «инструкцией» для функционирования клеток, из которых состоит организм человека. Гены входят в состав геномной ДНК. Более 99% последовательностей ДНК у всех людей идентично. Однако не существует двух людей, имеющих полностью одинаковую последовательность ДНК, за исключением однояйцевых близнецов. Индивидуальные отличия последовательностей ДНК называются генетическими вариациями. Они объясняют некоторые физические различия между людьми и частично объясняют, почему у одних людей возникают такие болезни, как рак, диабет, астма, депрессия и пр., в то время как у других этих болезней не бывает. На возникновение упомянутых выше заболеваний могут оказывать влияние такие факторы, как диета, физические упражнения, курение и загрязнение окружающей среды, что затрудняет точное выяснение, какие именно гены влияют на болезни.

GWATCH is a web-based genome browser designed to automate analysis, visualization and release of data from genome-wide association studies (GWAS) and whole genome sequence association studies of genetic epidemiological cohorts.

GWATCH - web-based genome browser for genome-wide association studies

GWATCH is a web-based genome browser designed to automate analysis, visualization and release of data from genome-wide association studies (GWAS) and whole genome sequence association studies of genetic epidemiological cohorts. For any association study, GWATCH allows cataloging and viewing of significant statistical results of association tests (p-values, odds ratios, hazard ratios and others) for single or multiple variants (SNP, indels, CNV), for single or multiple tests.

Genome-based Mycobacterium Tuberculosis Variation Database

Исследование геномов клинических штаммов возбудителя туберкулеза - Mycobacterium tuberculosis, посвящено поиску маркеров, ассоциированных с клиническими и микробиологическими характеристиками патогена на основе данных полногеномного секвенирования. Сотрудниками Центра создана база данных геномных вариаций штаммов M. tuberculosis, распространенных по всему миру, объединяющая генетические, клинические, микробиологические и географические данные (GMTV). Исследования ведутся совместно с Санкт-Петербургским НИИ фтизиопульмонологии, Санкт-Петербургским НИИ эпидемиолонии и микробиологии им. Пастера, и поддержаны грантами РФФИ и СПбГУ.

Анализ взаимодействия опухоли и микроокружения на уровне одиночных клеток при фолликулярной лимфами

Фолликулярная лимфома

Проект направлен на изучение фундаментальных основ взаимодействия опухоли и микроокружения при фолликулярной лимфоме, злокачественной опухоли лимфатической системы. Несмотря на эффективность терапии первой линии, обеспечивающей подавление роста опухолевых клеток, это заболевание остается неизлечимым и у 20% пациентов наблюдается рецидив в течение первых двух лет терапии. Понимание механизмов развития резистентности и поиск ранних прогностических маркеров остается одной из актуальных задач.

Assembly, Annotation, and Comparative Analysis of Apomictic Boechera Species Genome

Сборка, аннотация и сравнительный анализ геномов апомиктичных видов Boechera

Руководитель проекта В.Б.Брюхин

Apomixis is asexual way of plant reproduction through seeds, which could be found in more than 400 plant species representing almost 40 families. It is believed that apomixis evolved independently in several taxa from sexual ancestors. Apomixis could be considered as a developmental variation of sexual reproduction in which some steps are lost, reduced, deregulated or desynchronized (Fig.1). The main features of gametophytic apomixis are:

  • Avoidance of meiosis (apomeiosis);
  • Embryo formation via parthenogenesis;
  • Functional endosperm develops either autonomously or pseudogamously (central cell fertilized by sperm cell).

Феодосий Григорьевич Добржанский, советский и американский генетик российского происхождения, энтомолог, один из основателей синтетической теории эволюции.

Больше информации о ...

Стефан Джеймс О'Брайен 

Главный научный сотрудник, научный консультант  

Стефан Джеймс О’Брайен руководил лабораторией геномного разнообразия Национального ...

Владимир Брюхин 

Ведущий научный сотрудник, И.о. руководителя

Владимир Борисович Брюхин начал работу в Центре геномной биоинформатики им. ...

Лабораторные новости

На сайте СПбГУ опубликована статья о проекте. Статья посвящена научной публикации сотрудников Центра.

10.07.2019 в 15-00. Alexander Tiskin (Department of Computer Science, University of Warwick, United Kingdom) "The surprising algebra of sequence alignment".