Sergey V. Malov

Position:
smalov

Leading Researcher

Sergey V. Malov graduated from St.-Petersburg State University in 1992. He specialized in Probability Theory and Mathematical Statistics and finished his Ph.D. thesis at St.-Petersburg State University in 1995. Dr. Sergey V. Malov completed postdoctoral program in Survival Analysis at Victor Segalen Bordeaux 2 University in 1997-1998. In 2007 Dr. Sergey V. Malov attended fellowship program in applied statistics and AIDS research at CIRA of Yale University. Dr. Sergey V. Malov is an author of more then 25 scientific works in probability theory and mathematical statistics. During 2001 to present time period he was an invited scientist at Mc Master University (Canada), at Le Havre University (France) and at Otto von Guericke University of Magdeburg. He is reviewer in “AMS mathematical reviews” from 2006. Dr. Sergey V. Malovis giving courses on probability theory, mathematical statistics and random processes theory for bachelor students at St.-Petersburg Electrotechnical University and courses on applied statistics for master students at St.-Petersburg State University.

Research

General interest of Dr. Sergey V.Malov in the project is an application of mathematical methods in genetics. Main interest is to use modern statistical methods in gene discovery. Current interests are following:

(i). Gene wide association study (GWAS). The aim of GWAS is to specify disease association genes. Hundred of thousands SNP variants across a genome are tested on association with the disease by different tests. Different tests based on fixed time point data, longitudinal and survival data are involved in testing process. The aim is to analyze and interpret correctly results of statistical tests simultaneously. The GWAS methods will be applied to discover AIDS restriction genes.

(ii). Whole genome assembling process currently does not lead to exact genomic sequence. The whole genome association with vertebrate species is dependent on accuracy of genome assembling. Some technical aspects of genome assembling, using probabilistic and Monte Carlo methods for genome assembling are among current interests of Dr. Sergey V.Malov in the project.

Current scientific interests:

Survival Analysis, Censored Data, Multivariate Rank Statisics
Dependence concept. Copulas.
Biostatistics, Applications of Multivariate Rank Statistics of Survival Analysis
Biostatistics, GLM, Multivariate contingency tables
Applications of mathematical and statistical methods in genomic analysis
Current research interests:

Data analysis in AIDS research
Population genetics, statistical data analysis
Application of statistical methods in gene discovery
Teaching experience:

Courses on Probability Theory, Math. Statistics, Random Processes, Mathematical Analysis, Linear algebra at St.-Petersburg Electrotechnical University “LETI”;
Courses on Probability Theory and Mathematical Statistics at St.-Petersburg State University
Special courses “Regression analysis”, “Random Processes in Biology and Medicine”, “Survival Analysis” for specialization “Biostatistics” at St.-Petersburg State University.

Sergei V. Malov: List of publications

Ведущий научный сотрудник

Малов Сергей Васильевич окончил математико-механический факультет Санкт-Петербургского государственного университета в 1992 году по специальности “теория вероятностей и математическая статистика”, в 1995-мзащитил кандидатскую диссертацию. В 1997-98 Малов Сергей Васильевич проходил post-doc практику в университете Бордо-2 в области анализа данных типа времени жизни (survival analysis). C 2004 года в круг научных интересов Малова Сергея Васильевича входят исследования в области биостатистики. В 2004 году Малов Сергей Васильевич в рамках программы обмена опытом посетил школу общественного здоровья в университете Северной Каролины, а в 2007 году в рамках программы повышения квалификации в Йельском университете специализировался в области биостатистики и исследований эпидемии СПИДа. С 2004 года он принимает активное участие в разработке планов и чтении курсов лекций по специализации“биостатистика” магистерской программы “общественное здоровье” в Санкт-Петербургском госуниверситете.C 2011 года в круг научных интересов Малова Сергея Васильевича входит биоинформатика. Малов Сергей Васильевич является автором более чем 25 научных работ. В период с 2001 года по настоящее время он приглашался для проведения научных исследований в McMasterуниверситет (Канада), в университет Гавра (Франция) и в Магдебургский университет (Германия). Малов Сергей Васильевич читает курсы по теории вероятностей и математической статистике в Санкт-Петербургском электротехническом университете, а также специальные курсы по прикладной статистике в Санкт-Петербургском госуниверситете.

Научная деятельность

Общие цели Малова Сергея Васильевича в области генетических исследований связаны с использовании математических методов, в первую очередь вероятностно-статистических методов, для анализа генетических последовательностей. Текущие интересы состоят в следующем:

  • (i). Метод поиска мутаций (SNP), влияющих на течение болезни. Цель данного метода состоит в поиске мутаций, ассоциированных с различным течением болезни, по всему геному. Различные тесты, в том числе, анализ таблиц сопряженности, методы анализа коротких временных рядов и анализа данных типа времени жизни, используются для поиска таких мутаций. Цель данного исследования интерпретация множественных результатов тестов. Предполагается использование данного метода для выявления генов, влияющих на заболеваемость СПИДом.

  • (ii). Существующие способы сборки геномной последовательности не позволяют собрать весь геном целиком. Предполагается изучение некоторых технических аспектов, связанные с использованием вероятностных методов и методов Монте-Карло, при сборке генома.

    Текущие научные интересы

    • Анализ данных типа времени жизни, статистики многомерных рангов

    • Структуры зависимости, копулы

    • Биостатистика, использование специальных методов анализа данных типа времени жизни

    • Биостатистика, обобщенные линейные модели, многомерные таблицы сопряженности

    • Применение математических (статистических) методов анализе генома.

    Текущие направления исследований

      Анализ статистических данных, связанных с исследованиями в области СПИДа

    • Популяционная генетика, анализ статистических данных

    • Применение статистических методов для распознавания генов

        Преподавательская деятельность

      • Чтение курсов по теории вероятностей, математической статистике и теории случайных процессов в СПбГЭТУ“ЛЭТИ”

      • Чтение курса по теории вероятностей и математической статистике в СПбГУ.

      • Разработка специальных курсов по прикладной статистике для магистерской программы “Общественное здоровье”.

      Список статей С.В. Малова

      1. Malov, S.V. (2015) Copula process, Archimedean. Wiley StatsRef: Statistics Reference Online. pp. 1–7.
      2. Malov, S.V. & O’Brien, S.J. (2015) On survival categorical methods based on an extended actuarial estimator. In Applied Methods of Statistical Analysis. Nonparametric Approach. Proceedings of the International Workshop AMSA’15 (Novosibirsk-Belokuriha, September 14-19, 2015), 169–175.
      3. Svitin, A, Malov, S., Cherkasov, N., Geerts P., Rotkevich, M, Dobrynin P.,
        Shevchenko, A., Guan, Li, Troyer, J., Hendrickson-Lambert, S., Dilks, H.H., Oleksyk, T.K., Donfield, S., Gomperts, E., Jabs, D.A., Sezgin, Efe, Van Natta, M., Harrigan, P.R., Brumme, Z.L. & O’Brien, S.J. (2014), GWATCH: a web platform for automated gene association discovery analysis. GigaScience, 3:18

      4. Malov S.V. & O’Brien S.J (2013) On Survival Categorical Methods with Applications in Epidemiology and AIDS Research. In Applied Methods of Statistical Analysis. Applications in Survival Analysis, Reliability and Quality Control. Proceedings of the International Workshop AMSA’13 (Novosibirsk, September 25-27, 2013), 173–180.
      5. Antonik, A., O’Brien S.J. & Malov, S.V. (2013) Whole Genome Sequence Coverage Estimation Re-examined. In Applied Methods of Statistical Analysis. Applications in Survival Analysis, Reliability and Quality Control. Proceedings of the International Workshop AMSA’13 (Novosibirsk, September 25-27, 2013), 46–50.
      6. Hoffman I.F., Latkin C.A., Kukhareva P.V., Malov S.V., Batluk J.V., Shaboltas A.V., Skochilov R.V., Sokolov N.V., Verevochkin S.V., Hudgens M.G. & Kozlov A.P. (2013). A Peer-Educator Network HIV Prevention Intervention Among Injection Drug Users: Results of a Randomized Controlled Trial in St. Petersburg, Russia. AIDS and Behavior, Vol. 17, Issue 7, pp 2510-2520.
      7. Dobrynin P., Matyunina E., Malov S.V. & Kozlov A.P. (2013) The Novelty of Human Cancer/Testis Antigen Encoding Genes in Evolution. International Journal of Genomics, Vol.2013, Article ID 105108, 7 pages.
      8. Malov S.V., Shevchenko, A.K. & O’Brien S.J. (2013) Genome associations discovering. Part 1: Statistical methods (in Russian). Komputerniye instrumenti v obrazovanii, v. 5, pp 17 – 32.
      9. Malov S.V., Shevchenko, A.K. & O’Brien S.J. (2013). Genome associations discovering. Part 2: Multiple testing problem, computer tools and applications (in Russian). Komputerniye instrumenti v obrazovanii, v. 6, pp. 3-17
      10. Christoph, G. and Malov S.V. (2012). Asymptotic Properties of Generalized Multivariate Rank Statistics. Accepted to Communications in Statistics: Theory and Methods.
      11. Bagdonavicius V., Malov S.V.&Nikulin M. (2012). Homogeneity Tests for Related Samples Under Censoring, Communications in Statistics: Simulations and Computations 41(6), 764 – 775.
      12. Malov S.V.,Skochilov R.V. &Kozlov A.P. (2010). Estimation of hazard of epidemic by interval censored data. Russian Journal AIDS, Cancer and Public Health, v. 14, № 1(29), 61 – 64. (in Russian)
      13. Christoph, G. and Malov S.V. (2009). On semiparametric estimation in copula models under right censored data, Proceedings of the 6-th St.-Petersburg Workshop on Simulation (Eds. S.M. Ermakov, V.B. Melas and A.N. Pepelyshev)1, 335 – 340.
      14. Berred A and Malov S.V. (2009).Semiparametric Estimation in Copulas with the Same Marginals, Communications in Statistics: Theory and Methods 38(3), 372 – 392.
      15. Bagdonavicius V., Malov, S., Nikulin, M. (2008). Testing of the homogeneity of marginal distributions in copula models, C. R. Acad. Sci. Paris, Ser. I 346, 445–450.
      16. Bagdonavičius, V., Malov, S.V. and Nikulin, M.S. (2006), Semiparametric Regression Estimation in Copula Models, Communications in Statistics: Theory and Methods 35(8), 1449 – 1467.
      17. N. Balakrishnan and S.V. Malov (2005), Some characterizations of exponential distribution based on progressively censored order statistics, In Advances on Models, Characterizations and Applications (Eds., N. Balakrishnan, I.G. Bairamov and O.L. Gebizlioglu), Chapter 6, pp.97-109, Chapman & Hall/CRC Press, New York.
      18. Ahsanullah, M., Malov, S.V. (2005), On Characterizations via Equivalent Distributions Properties of Records. Proceedings of the Fifth St.-Petersburg Workshop on Simulation (Eds. S.M. Ermakov, V.B. Melas and A.N. Pepelyshev), 17-22.
      19. Ahsanullah, M. andMalov, S.V. (2004), On Some Characterizations via Distributional Properties of Records, Journal of Statistical Theory and Applications 3(2), 135-140.
      20. Berred, A. andMalov, S.V. (2004), Semiparametric Estimation in Copulas With the Same Marginals, In Longevity, Aging and Degradation Models in Reliability, Public Health, Medicine and Biology LAD’2004 (eds.,V.Antonov, C.Huber, M.Nikulin, V.Polischook ), pp. 45-51, St.-Petersburg State Politechnical University, St.-Petersburg.
      21. Ahsanullah, M. andMalov, S.V. (2003). On Characterizations via Linear Regression Properties of Generalized Order Statistics. Journal of Statistical Theory and Applications 2(1), 33-38.
      22. Balakrishnan, N., Malov, S.V. (2002) Characterizations of proportional Archimedean copulas. Mathematical Methods of Statistics 11, No 4, 489-495.
      23. Malov, S.V. (2001) On finite-dimensional Archimedean copulas. In Asymptotic Methods in Probability and Statistics with applications (eds.,N.Balakrishnan, I. Ibragimov and V. Nevzorov), Birkhouser, Boston, 19-35,.
      24. Malov, S.V. (2000) On proportional Archimedean copulas. Abstracts of the second international conference on mathematical methods in reliability, Bordeaux, France, v.2, 743-746.
      25. Bagdonavicius V., Malov, S.,Nikulin, M. (1999) Characterizations and semiparametric regression estimation in Archimedean copulas. Journal of Applied Statistical Science 8, No 2/3, 137-154.
      26. Malov, S.V. (1998) Random variables generated by ranks in dependent schemes. Metrika 48, 61-67.
      27. Malov, S.V. (1998) Some remarks on copulas. Abstracts of communications of the conference “Asymptotic Methods in Probability and Mathematical Statistics” in St.-Petersburg, June 24-28, 166-170.
      28. Malov, S.V., Nevzorov, V.B. (1997) Characterizations using ranks and order statistics. In: A Volume in Honour of Samuel Kotz, Wiley, NY., 479-489.
        Malov, S.V. (1997) Sequentialτ-ranks. Journal of Applied Statistical Science 5, No 2/3, 211-224.

      29. Malov, S.V. (1997) Some remarks on finitely dimensional Archimedean copulas. Technical report 97034 of MAB, University Bordeaux 1.
      30. Malov, S.V. (1996) On characterizations of independent identically distributed random variables via order statistics. Statistics & Probability Letters 26, 97-104
      31. Malov, S.V.,Nevzorov, V.B., Nikulin, M.S. (1996) Sequential ranks and related topics. Mathematical Methods in Stochastic, Simulation and Experimental Design (Proceedings of the Second St.-Petersburg Workshop on Simulation, St.-Petersburg 1996), 294-299.
      32. Malov, S.V. (1994) On the strong independence of sequential ranks. Proc. of the Sixth Vilnius Conference in Probab. Th. and Math. Stat. 2, Mokslas Vilnius/VSP, Utrecht, 517-532.
      33. Malov, S.V. (1993) Sequential ranks and order statistics. Notes Sci.Seminars POMI, 204, 115-125 .
      34. Malov, S.V. (1992) On independence of sequential ranks. Vestnik St.-Petersburg Univ. 25, No.3, 109-113